Meskipun tidak pernah secara resmi digunakan, Doktrin Eisenhower memandu kebijakan AS dalam tiga kontroversi.Â
Pertama, Doktrin itu mengilhami Eisenhower dan Dulles untuk mempertahankan pemerintahan Raja Hussein dari Yordania selama krisis politik di negaranya pada awal 1957, AS segera menstabilkan Hussein dengan puluhan juta dolar bantuan.Â
Pentagon juga memerintahkan Armada Keenam untuk berlayar ke Mediterania timur, menempatkan Kelompok tugas Amfibi Armada Keenam di Beirut, menempatkan dua kapal perusak di dekat Massawa-Aden, dan memperingatkan unit darat dan udara di Eropa untuk kemungkinan penyebaran ke pangkalan udara dan darat di Turki dan Lebanon. Hal ini dilakukan guna mencegah negeri tetangga Yordania mengambil kesempatan atas kekacauan di Yordania dan mencoba mencaplok negara itu.
Kedua, Eisenhower mendasarkan kebijakannya selama krisis di Suriah pada Doktrin Eisenhower. Hubungan AS-Suriah telah memburuk sejak Shukry al-Quwatly menjadi presiden pada Agustus 1955. al-Quwatly telah mengkritik Pakta Baghdad, menerima pasokan senjata Soviet, mengungkap operasi rahasia Anglo-Amerika terhadap rezimnya pada Oktober 1956, mencela Doktrin Eisenhower, menekan oposisi konservatif, dan tampaknya mengobarkan pemberontakan di Yordania.Â
Khawatir dengan bukti meningkatnya pengaruh Komunis di Suriah, para pejabat AS tampaknya meluncurkan operasi rahasia kedua di Damaskus pada Agustus 1957, tetapi Suriah menyusup ke konspirasi, mengusir tiga diplomat AS, dan mengepung kedutaan AS dengan tank. Sebagai pembalasan, Eisenhower mengusir dua utusan Suriah dari Washington.
Pertikaian diplomatik ini mendorong Eisenhower untuk mengatur manuver militer Barat melawan Suriah. Khawatir bahwa Uni Soviet mungkin mencaplok Suriah atau menumbangkan rezim tetangga pro-Barat, Eisenhower mendorong Turki, Irak, Lebanon, dan Yordania. Bertentangan dengan keinginan Eisenhower, bagaimanapun, hanya Turki yang bergerak tegas melawan Suriah. Yordania, Irak, dan Lebanon tetap pasif dan Arab Saudi menyalahkan masalah di Damaskus pada kebijakan AS.
Ketegangan atas Suriah akhirnya pecah ketika Suriah dan Mesir bergabung ke dalam Republik Persatuan Arab (United Arab Republic/ UAR) pada 1 Februari 1958. Eisenhower dan Dulles segera menyadari bahwa oposisi terhadap UAR hanya akan menimbulkan kebencian Arab, dan mereka juga menghitung bahwa UAR akan memberikan keuntungan tertentu seperti menahan penyebaran komunisme di Damaskus dan menyerap energi politik Nasser. Dengan demikian, Amerika Serikat secara resmi mengakui UAR pada 25 Februari dan krisis Suriah berlalu.
Lalu ketiga, selama krisis Juli 1958 yang melibatkan negara-negara pro-Barat Lebanon, Yordania, dan Irak. Lebanon menjadi perhatian utama bagi Eisenhower pada awal tahun 1958, ketika Muslim Lebanon, yang terpengaruh oleh visi nasionalisme pan-Arab Nasser, menantang otoritas Presiden Camille Chamoun, seorang Kristen yang telah mempraktekkan kebijakan luar negeri pro-Amerika dan yang mencoba memperluas kekuasaannya dengan mengamandemen konstitusi untuk menghapus pembatasan masa jabatan.
Ketika kekerasan melanda Lebanon pada Mei 1958, para pejabat AS memasok Chamoun dengan senjata yang ia gunakan untuk menekan kerusuhan antipemerintah. Tetapi ketidakstabilan tetap ada, dan Chamoun meminta Amerika Serikat untuk campur tangan secara militer untuk menyelamatkan kepresidenannya.
Awalnya, Eisenhower menolak untuk campur tangan. Dia menyadari bahwa jatuhnya Chamoun mungkin akan menjadi kekuatan anti-Barat, radikal pro-Nasser atau bahkan mungkin memicu perang Israel-UAR untuk menguasai negara. Namun dia juga menyadari bahwa intervensi untuk memperpanjang kepresidenan Chamoun akan mengurangi prestise AS di banyak negara Dunia Ketiga. Bahkan setelah Chamoun memenuhi persyaratan tertentu AS, termasuk meninggalkan usahanya sendiri untuk tetap menjadi presiden, Eisenhower ragu-ragu untuk bertindak.
