Ketika pertama kali didirikan pada 12 September 1923, Persis sebagai organisasi formal telah resmi beroperasi. Pada saat itu, umat muslim di Indonesia (pada umumnya) masih terbayang-bayang oleh fatwa-fatwa yang tidak mendasar kepada Al-Qur'an dan Sunnah. Mereka terbawa hanyut oleh arus praktik campuran antara Islam dan pra-Islam.
Sebelum PERSIS berdiri secara resmi, telah bergaung suara agar umat Islam kembali kepada tuntunan Al-Qur'an dan Sunnah. Tetapi, gaungnya suara tersebut tidak sejalan dengan pemberantasa bid'ah, taqlid, dan syirik yang tegas dalam kehidupan sehari-hari. Jikapun terdapat kelompok yang secara gamblang menyatakan hal tersebut, itu dilakukan hanya untuk memecahbelahkan persatuan diantara umat Islam.
Untuk menanggapi hal tersebut, PERSIS beranggapan bahwa selama kaum muslimin belum kembali kepada Qur'an dan Sunnah, maka selama itu pula mereka tidak mendapatkan persatuan yang hakiki, membina kekuatan, dan membangun kekuasaan. PERSIS bersandar kepada sebuah keyakinan (aqidah) bahwa tauhid tidak dapat ditegakkan jika masih terdapat syirik didalamnya, Sunnah tidak akan hidup apabila masih ada bid'ah yang mengakar, dan ruhul intiqad tidak dapat tumbuh jika diiringi dengan taqlid. Pandangan tersebut yang membuat watak perjuangan PERSIS sejak awal.
Sebagaimana tercantum didalam Qanun Asasi (Anggaran Dasar) PERSIS Bab 2 Pasal 1 Tentang Rencana Jihad Umum, bahwa PERSIS memiliki Tujuan dan Cita-cita sebagai berikut:
1. Mengembalikan kaum muslimin kepada pimpinan Al-Qur'an dan As-Sunnah;
2. Menghidupkan ruhul jihad dalam kalangan umat Islam;
3. Membasmi bid'ah, khurafat, takhayul, taqlid dan syrik dalam kalangan umat Islam;
4. Memperluas tersiarnya tabligh dan dakwah Islamiyah kepada segenap lapangan masyarakat;
5. Mengadakan, memelihara, dan memakmurkan mesjid, surau, dan langgar serta tempat ibadah lainnya untuk memimpin peribadatan umat Islam Â
  menurut sunnah nabi yang sebenarnya menuju kehidupan taqwa;
6. Mendirikan pesantren atau madrasah untuk mendidik putera- putera Islam dengan dasar Al-Qur'an dan Sunnah;
7. Menerbitkan kitab, buku, majalah dan siaran-siaran lainnya guna mempertinggi kecerdasan kaum muslimin dalam segala lapangan ilmu
  pengetahuan;
8. Mengadakan dan memelihara hubungan yang baik dengan segenap organisasi dan gerakan Islam di Indonesia dan seluruh dunia Islam, menuju
   terwujudnya persatuan alam Islami.
Sedangkan rencana jihad khususnya, tercantum di dalam Qanun Asasi Bab II Pasal 2 sebagai berikut:
1. Membentuk hawariyyun Islam yang terdiri dari muballighin dan muballighat dengan jalan mempertajam serta memperdalam pengertian mereka
  dalam soal-soal dan ajaran Islam;
2. Mendidik dan membentuk warga dan anggota Persis supaya menjadi uswatun hasanah bagi masyarakat sekelilingnya, baik dalam lapangan aqidah
  dan ibadah maupun dalam muamalah;
3. Mengadakan tantangan dan perlawanan terhadap aliran yang mengancam hidup keagamaan pada umumnya dan hidup keislaman pada khususnya,
  seperti paham materialisme, atheisme, dan komunisme;
4. Melakukan amar ma'ruf dan nahi munkar dalam segala ruang dan waktu, dan melawan golongan musuh-musuh Islam dengan cara yang sepadan
   sesuai dengan ajaran Al-Qur'an dan Sunnah.
Pada Qanun Asasi Persis hasil Muktamar ke-11 di Jakarta tahun 1995, dirumuskan bahwa tujuan Persis (Bab I Pasal 4) adalah sebagai berikut :
1. Anggotanya mengamalkan ajaran Islam menurut tuntunan Al-Qur'an dan As-Sunnah.
2. Sebagian anggotanya menjadi Thoifatun Mutafaqihuna fi dien (sekelompok yang memperdalam agama) atau ulama.
3. Kaum muslimin menempatkan dirinya pada aqidah dan syariah Islam menurut tuntunan Al-Qur'an dan As-Sunnah.
4. Para anggota dan Umat Islam di Indonesia umumnya dapat ikut serta secara aktif dalam pembangunan nasional, demi terwujudnya masyarakat adil
   makmur yang diridlai oleh Allah Swt.
5. Umat manusia menjadi hamba Allah Swt. yang bertaqwa kepada-Nya. Â Â
Tujuan ini dirumuskan dalam rencana jihad Bab I Pasal 6 sebagai berikut:
1. Dalam lingkungan anggota ialah dengan mendidik dan membina para anggota untuk:
1) Menjadi uswatun hasanah bagi keluarga dan masyarakat dalam mengamalkan syariat Islam.
2) Menjadi ulama, zuama, ashabun dan hawariyun Islam dengan jalan memperkaya ilmu dan memperdalam pengertian tentang ajaran Islam sehingga
   mampu bertindak sebagai mubaligh dan mubalighat.
3) Mengadakan, memelihara, dan memakmurkan masjid, mushalla, dan wakaf.
4) Mendirikan dan mengembangkan lembaga-lembaga pendidikan Islam.
5) Mengadakan dan mengembangkan perpustakaan Islam.
6) Melaksanakan penelitian dan pengkajian ilmiah keis- laman dalam rangka memelihara dan mengembangkan ruhul jihad.
7) Mengadakan dan mengembangkan penerbitan keaga- maan sebagai salah satu media dakwah.
8) Memelihara  keutuhan jam'iyah dan mengembangkan- nya.
9) Menjadi pelopor dan pelaksana Ikramul Aitam.
10) Mendirikan lembaga kesehatan Islami.
11) Mendirikan lembaga-lembaga ekonomi Islami.
12) Mengadakan kegiatan-kegiatan sosial kemasyarakatan lainnya  yang sejalan dengan tujuan jam'iyah.
2. Dalam lingkungan umat dengan :
1) Melaksanakan dakwah melalui berbagai cara dan media yang ma'ruf.
2) Membela dan menyelamatkan umat Islam dari gangguan musuh-musuh Islam dengan cara haq dan ma'ruf.
3) Menghidupkan dan memelihara ruhul jihad dan ijtihad.
4) Membasmi bid'ah, khurafat, takhayul, taqlid, syrik, dan munkarat lainnya.
5) Menjalin dan memelihara hubungan baik dengan segenap organisasi Islam lainnya baik nasional maupun internasional sebagai perwujudan prinsip
   kaljasadil wahid dalam menuju terwujudnya bunyanul Islam.
Secara ringkas, tujuan Persis pada dasarnya adalah menginginkan terlaksananya syariat Islam berlandaskan Al-Qur'an dan As-Sunnah secara kaffah dalam segala aspek kehidupan untuk:
1. Menyelamatkan aqidah umat dan menyelamatkan umat dalam beraqidah;
2. Menyelamatkan ibadat umat dan menyelematkan umat dalam beribadat; dan
3. Menyelamatkan muamalah umat dan menyelamatkan umat dalam bermuamalah dengan jalan:
   a) Mengembangkan dan memberdayakan potensi jam'iyah demi terwujudnya jam'iyah sebagai shurotun mushagharatun 'anil Islam wa hikmatuhu
     al-asma.
  b) Meningkatkan pengamalan dan pemahaman keislaman anggota khususnya dan Islam pada umumnya sehingga tercipta barisan ulama, zuama,
     ashabun dan hawariyun Islam yang senantiasa iltizam terhadap Risalah Allah.
  c) Meningkatkan kesadaran dan pemberdayaan anggota khususnya dan umat Islam pada umumnya dalam bermuamalat secara jama'i dalam setiapÂ
     aspek kehidupan
