Terlebih lagi presiden Soekarno turut  condong untuk mendukung PKI, yang bagi HMI merupakan musuh besarnya.Â
Bahkan, desas-desus pembubaran HMI diangkat ke tingkat nasional. Lantas sayap-sayap PKI terus-menerus menggempur zona-zona sentral HMI, gerbong-gerbong PKI dengan kaki tangannya CGMI memanipulasi agar HMI dikeluarkan dari angggota Perserikatan Perhimpunan Mahasiswa Islam (PPMI), Â ditahun 1964 HMI diskors dari keanggotan PPMII, dan turun sampai Majelis Mahasiswa Indonesia (MMI), Keekstrimen CGMI untuk menutup akses pintu-pintu organisasi intra kampus-kampus di Indonesia semakin menggila, HMI juga difitnah yang bukan-bukan tentang anak kandung Masyumi, Islam radikal, dan kontra revolusioner. Â
    HMI seolah terbelenggu, kenapa bisa dikatakan terbelenggu? Karena organisasi-organisasi seperti Masyumi, GPII, PII porak-poranda akibat keberingasan dari PKI. Posisi HMI ibarat menengok kebelakang akan ditikam pedang, jika menatap ke arah depan ditodong senapan, terkurung di berbagai lini kehidupan. Pergolakan tak dapat dihindarkan lagi, rentetan propaganda pun cepat disebar luaskan.Â
Mahasiswa yang menganut paham kiri sampai rakyat yang beridelogi kiri saling bahu-membahu mencoba mempersekusi HMI. Vandalis, sarkas hingga aksi-aksi turun jalanan seolah makanan sehari-hari bagi HMI.
    Puncaknya skenario pengganyangan HMI diutarakan dikongres ke-3 CGMI di Istora Senayan, Jakarta. Aidit sebagai ketua politbiro politik PKI berpidato secara provokatif "Kalau kalian kader CGMI tidak bisa membubarkan HMI, kalian pakai sarung saja" sontak Istora bergemuruh dengan sorak-sorai "Bubarkan HMI". N
amun Aidit seakan lupa bahwasannya HMI bukanlah anak kemarin sore, sebelum Aidit mengekpresikan statment pidatonya, HMI telah mencuri start awal dengan PB HMI membuka jalan ke istana, membangun komunikasi politik untuk memberikan informasi banding atas tuduhan PKI terhadap HMI, diikuti dengan gabungan organisasi muslim seperti pelajar (PII) dan pemuda (GEMUIS) dibawah satu komando ketua GP Ansor bapak Yusuf Hayim "Langkahi mayatku jika ingin bubarkan HMI".Â
Semangat itu seolah membakar seluruh lapisan elemen  masyarakat muslim yang marah akibat kebiadaban yang dilakukan PKI.
    Kejadian-kejadian dibalik layarpun tak diketahui oleh partai sayap kiri ini, mana mungkin partai besar halnya PKI ini linglung tak tau-menahu gerakan  yang hanya dibangun organisasi lingkup mahasiswa seperti HMI ini,  ditambah setelah Bung Karno berpidato dikegiatan kongres CGMI tersebut, dalam penggalan pidatonya "Jika HMI kontra revolusioner, maka HMI akan saya bubarkan, akan tetapi jika CGMI kontra revolusioner maka akan saya bubarkan pula".Â
Para petinggi, anggota, dan simpatisan yang hadir di senayan kala itu terdiam seribu bahasa, PKI pun tak habis pikir apa yang dimaksudkan Bung Karno ketika berpidato seperti itu.
    Pupus sudah Nasib PKI, menyusul peristiwa Gerakan 30 September (G30S\GESTAPU) yang dimotori oleh PKI. Celah tersebut mengungkapkan fakta bahwasannya siapa yang kontra dengan revolusioner dan Soekarno.Â
Tak cukup lama HMI, pasukan Angkatan darat, dan Resimen Pasukan Khusus Angkatan darat (RPKAD yang kita kenal sekarang Kopasus) Â sebelumnya telah menjalin hubungan di jauh-jauh hari, segera gembong PKI layaknya Aidit, Semaun, Alimin dan seluruh underbow-underbownya dibabat habis, akhirnya PKI dan segenap kaki tangannya membubarkan diri dan tak menyisakan cerita apapun.