Tujuan otonomi daerah adalah untuk meningkatkan pelayanan kepada masyarakat agar semakin baik. Menciptakan efisiensi dan efektivitas pengelolaan sumber daya daerah. Selain itu, otonomi daerah juga bertujuan untuk memberdayakan dan menciptakan ruang bagi masyarakat untuk berpartisipasi dalam proses pembangunan. Pengembangan suatu daerah akan disesuaikan oleh pemerintah daerah dengan potensi dan ciri khas daerah masing-masing.
Pada pelaksanaannya, masih ada saja oknum yang memanfaatkan kesempatan ini untuk memperkaya dirinya dan keluarganya sendiri. Selain itu, birokrasi yang terlalu panjang rasanya kurang efisien dalam pengelolaan sumber daya daerah yang ada. Secara konsep, penyelenggaraan pemerintah di Indonesia sudah sangat baik, hanya saja dalam implementasinya masih banyak hal yang harus dibenahi, baik dari pemerintah maupun perangkat daerah yang ada.
Kesimpangsiuran nomenklatur menjadi perhatian karena ketidaksesuaian nomenklatur lembaga daerah dengan lembaga pusat seringkali berdampak pada kesulitan proses pengalokasian anggaran. Demikian juga, variasi besaran kelembagaan daerah telah menyebabkan tidak efektifnya kinerja instansi pemerintah daerah.
Oleh sebab itu sudah seharusnya pemerintah dan perangkat daerah yang ada bisa bersikap jujur dan tetap mendahulukan kepentingan rakyat. Selain itu, penataan stuktur organisasi pemerintah daerah sudah selayaknya ditata dan diatur sesuai dengan kebutuhan daerah masing-masing.Â
Hal tersebut terlihat jelas pada ketentuan dalam PP Nomor 41 tahun 2007 yang mengisyaratkan besaran organisasi perangkat daerah sekurang-kurangnya mempertimbangkan faktor keuangan, kebutuhan daerah, cakupan tugas yang meliputi sasaran tugas yang harus diwujudkan, jenis dan banyaknya tugas, luas wilayah kerja dan kondisi geografis, jumlah dan kepadatan penduduk, potensi daerah yang bertalian dengan urusan yang akan ditangani, serta sarana dan prasarana penunjang tugas.
