Sedangkan minusnya, diantaranya timbulnya dampak terhadap lingkungan. Pengembangan lahan pertanian besar-besaran dapat memiliki dampak negatif terhadap lingkungan, termasuk deforestasi, kerusakan ekosistem, dan penurunan keanekaragaman hayati.Â
Kemudian juga menimbulkan ketergantungan pada varietas tertentu. Kasus nyata ada pada lahan di Kalimantan Tengah, seperti diketahui lahan di Kalimantan Tengah yang masuk target pengembangan food estate padi dan singkong berulang kali mengalami kebakaran.Â
Dari 2015 - 2020 saja total sudah ada 950- ribuan hektar lahan yang terbakar dan sekitar 718 ribu hektare lahan terindikasi  mengalami deforestasi, termasuk didalam kawasan gambut.
Khusus mengatasi problematika yang ditimbulkan oleh food estate perlu dilakukan berbagai upaya, antara lain:
Pertama, pengelolaan lingkungan berkelanjutan
Pemerintah perlu memastikan bahwa pengembangan food estate dilakukan dengan memperhatikan prinsip-prinsip pengelolaan lingkungan yang berkelanjutan, seperti reboisasi dan pelestarian habitat alam.Â
Kedua, diversifikasi pangan
Untuk mengurangi risiko ketergantungan pada satu jenis tanaman, perlu dilakukan diversifikasi tanaman dalam food estate. Hal ini dapat menciptakan ketahanan lebih besar terhadap perubahan iklim dan risiko lainnya.
Ketiga, melibatkan masyarakat lokal dalam proses perencanaan dan implementasi food estate dapat meminimalkan konflik dan memastikan manfaat ekonomi yang adil.Â
Keempat, teknologi pertanian berkelanjutan
Mengintegrasikan teknologi pertanian yang ramah lingkungan, seperti irigasi cerdas, pemupukan organik, dan pengendalian hama yang berkelanjutan, dapat membantu meminimalkan dampak negatif pada lingkungan.