Kini, hutan jati di Muna tidak lagi menampakan bentuk sebagaimana yang bisa kita lihat puluhan tahun silam. Deforestasi marak dilakukan oleh aktor-aktor tertentu yang berujung pada gundulnya hutan jati di Muna. Embrio deforestasi di hutan Muna bahkan telah dimulai sejak kolonialisme masih berlangsung.
Di masa itu, Belanda banyak melakukan penebangan pohon jati yang kemudian diekspor ke pasar Eropa. Namun, mereka tetap memperhatikan aspek-aspek ekologis, seperti penanaman hutan kembali (reboisasi) demi menjaga kelestarian hutan jati. Aktivitas deforestasi semakin marak terjadi ketika Indonesia mengalami krisis moneter pada tahun 1998.
Setelah peraturan otonomi daerah diterapkan pada tahun 2000, laju deforestasi di hutan Muna juga menjadi semakin kencang. Di tahun 2004 bahkan, hutan jati di Muna hanya menyisakan semak belukar.
Pelaksanaan otonomi daerah mendorong pemerintah di tingkat lokal mampu untuk  mengatur dan mengurus rumah tangga daerahnya sendiri. Berubahnya sistem ketatanegaraan dari sentralisasi menjadi desentralisasi memang dinilai sebagai penanda berakhirnya sistem otoritarian ke demokrasi.
Namun, desentralisasi justru membawa konsekuensi negatif bagi kelestarian hutan jati di Muna. Pemerintah daerah dengan segala kewenangannya merumuskan kebijakan pengelolaan hutan yang bermaksud untuk meningkatkan akumulasi pribadi pihak-pihak tertentu. Kebijakan yang dirumuskan oleh pemerintah daerah banyak yang tidak memikirkan prinsip-prinsip keseimbangan antara kepentingan masyarakat, pengusaha, dan pemerintah itu sendiri.
Ketidakseimbangan itu dapat dilihat pada munculnya oknum-oknum (pengusaha) yang secara sistematis dan relatif terorganisir melakukan pembalakan liar, perambahan hutan, dan pendudukan lahan.
Hal itu tentu saja amat merugikan masyarakat lokal yang tidak memiliki modal sosial cukup untuk melindungi hak-hak mereka atas hutan. Kebijakan yang diterapkan pemerintah juga memiliki tendensi untuk mengelola hutan tanpa pengawasan yang ketat secara hukum (Jers, 2012).
Mantan pegawai Dinas Kehutanan Provinsi Sulawesi Tenggara dalam Jers (2012) juga mengungkapkan "Penjarahan jati amat drastis, saat muncul reformasi dan munculnya era otonomi daerah pada tahun 2000. Perubahan politik pada saat itu dimanfaatkan betul oleh pengusaha dan pemerintah untuk mengelola jati dengan maksud kepentingan ekonomi" .
Selain ulah oknum pengusaha, pemerintah dan masyarakat lokal juga terlalu sibuk berkonflik dan menaruh rasa curiga satu sama lain. Mereka saling menyalahkan atas terjadinya kerusakan hutan jati di Muna. Pemerintah menuduh masyarakat sebagai pelaku perusakan dan penebangan kayu secara illegal. Sementara masyarakat lokal menyangkal telah melakukan penjarahan dan penebangan pohon jati.
Mereka berpendapat bahwa tuduhan tersebut terkesan tidak masuk akal, karena mereka tidak memiliki sumber daya yang cukup untuk melakukan penebangan secara masif dalam waktu singkat. Mereka menduga adanya skenario kerjasama antara pemerintah dan oknum pengusaha yang tidak bertanggung jawab untuk menjarah hutan demi kepentingan ekonomi mereka semata.
Sementara itu, untuk menutupi'dosa-dosanya', pemerintah melemparkan kesalahannya kepada masyarakat dengan menuding mereka telah melakukan perusakan hutan. Â
