Baku tembak terjadi selama beberapa menit, kelompok teroris dan pasukan Uganda tewas dalam baku tembak tersebut. Di tengah baku tembak tersebut sang Komandan Letkol Yonathan Netanyahu gugur ditembak oleh pasukan Uganda dari atas menara pengawas yang langsung dibalas oleh berondongan senjata berat pasukan komando Israel.
Unit-unit komando Israel lain menghancukan deretan jet pemburu Mig milik Uganda di bagian lain landasan agar tidak menjadi ancaman selama proses evakuasi sandera berlangsung.
Akhirnya pasukan Israel meminta para sandera untuk bersiap dievakuasi. Pesawat Hercules yang akan mengevakuasi telah siap di landasaran. Dalam waktu singkat semua sandera yang selamat berhasil dievakuasi ke pesawat Hercules yang telah siap lepas landas.
Menurut sumber informasi ada sekitar 100-an lebih sandera yang ditawan di Entebbe dan berhasil diselamatkan, pasukan Komando Israel segera menghitung jumlah sandera, tiga orang sandera tewas dalam operasi pembebasan ini ketika baku tembak terjadi.
Setelah proses penghitungan sandera oleh pasukan komando Israel selesai, ketiga pesawat angkut C-130 Hercules itu segera meninggalkan Uganda menuju Israel dengan mendarat dahulu di Kenya untuk mengisi bahan bakar dan merawat korban luka.
Operasi militer di Entebbe berlangsung selama sekitar 90 menit.
Pagi hari tanggal 4 Juli 1976 ketika pesawat sudah mendekati Israel, seorang petinggi Militer Israel menelepon Idi Amin dan dalam percakapan tersebut Idi Amin masih tetap bersikeras agar Israel memenuhi tuntutan pembajak. Idi Amin belum sadar bahwa telah terjadi peristiwa besar semalam di negaranya, mungkin karena tidak ada yang berani memberi tahunya
Pesawat Hercules yang membawa sandera yang dibebaskan dan pasukan komando Israel, akhirnya mendarat di Bandara Ben-Gurion, Tel Aviv dengan penyambutan besar.
Menurut beberapa sumber informasi, dalam operasi ini ada 4 orang yang meninggal , 3 orang sandera dan satu orang komandan lapangan , pemimpin pasukan Israel di garis depan Lekol Yonathan Netanyahu.
Meski jatuh korban, namun operasi yang juga dikenal dengan operasi Thunderbolt ini sukses besar karena berhasil menyelamatkan sebagian besar sandera.
2. Operasi Pembebasan Sandera Pembajakan Pesawat Lufthansa di Mogadishu, Somalia tahun 1977
