Dalam bidang tasawuf, beliau mengikuti Tarekat Qadiriyah yang pendirinya adalah Syaikh Abdul Qadir Jailani. Dimana, Hamzah menerima tarekat qadiriyah ini ketika beliau belajar di Baghdad yang menjadi pusat penyebaran tarekat Qadiriyah itu sendiri. Disinilah beliau mendapatkan ijazah dari tokoh sufi Qadiriyah.
Berkat usaha beliaulah, tasawuf menjadi tersebar dan terkenal di Nusantara ini. Bahkan bahasa melayu yang digunakan dalam karya-karya Hamzah sendiri menjadi bahasa perdagangan dan bahasa ilmu pengetahuan pada saat ini. Begitu juga dengan puisi-puisi modern yang lahir di dunia Melayu dan Nusantara, banyak diilhami oleh karya-karya Hamzah tersebut.
Pemikiran Hamzah Al-Fansuri
Terkait pemikiran Hamzah al-Fansuri tentang tasawuf banyak dipengaruhi oleh Wahdah al-Wujud yang merupakan paham Ibnu Arabi, dimana memandang bahwa alam adalah tajalli atau penampakan. Pokok pemikiran Hamzah al-Fansuri sendiri dikenal dengan wujudiyah. Berikut diantaranya:
1. Allah
Allah SWT merupakan dzat yang qadim dan mutlak, sebab Allah lah yang pertama dan pencipta langit dan bumi serta seisinya. Dalam salah satu syair Hamzah al-Fansuri yaitu:
Mahbubmu itu tiada berhasil
Pada ayna ma tuwallu jangan kau ghafil
Fa tsamma wajhullah sempurna wasil
Inilah jalan orang yang kamil
Dimana dalam hal ini, Hamzah Al-Fansuri menolak ajaran pranayama dalam agama Hindu. Yakni membayangkan bahwa Tuhan ada dibagian tubuh tertentu.