Namun, saat ini, pengembangan sumber daya kelautan di Pulau Madura masih belum optimal dan berkelanjutan. Alasan utama untuk ini adalah bahwa perencanaan dan pengembangan wilayah pesisir masih bersifat sektoral. Setiap sektor dikembangkan tanpa memperhitungkan sektor lain yang relevan dan terkait erat. Misalnya, pengembangan kawasan perikanan dilakukan tanpa memperhitungkan kepentingan kawasan wisata. Hal ini dapat menyebabkan konflik kepentingan antara sektor-sektor yang terlibat dalam kegiatan di daerah pesisir yang sama. Dampak pemanfaatan pesisir sektoral terhadap pengelolaan yang tidak terintegrasi yaitu adanya perbedaan dalam tujuan, target dan rencana sehingga menciptakan persaingan dan bahkan konflik antara pengguna pesisir dan perencanaan yang tumpang tindih.
Dengan demikian, perlu keseimbangan pengendalian wilayah laut dan pesisir di Pulau Madura oleh masyarakat adat dan masyarakat tradisional pesisir. Tantangan mendasar bagi perencana dan pengelolaan kawasan pesisir  di Pulau Madura adalah memfasilitasi pembangunan ekonomi sekaligus meminimalkan dampak negatif dari semua kegiatan pembangunan dan bencana alam. Pengembangan kawasan pesisir dan masyarakat didasarkan pada sumber daya pesisir untuk mendukung lingkungan, sehingga pembangunan ekonomi dapat berlangsung terus menerus. Oleh karena itu, upaya dengan metode pembangunan tertentu untuk pengelolaan angkatan laut dan pesisir diperlukan untuk mendukung pembangunan lingkungan pesisir yang berkelanjutan, yang sejalan dengan ekosistem yang ada.
Pengelolaan Wilayah Pesisir Pulau Madura berbasis Integrated Coastal Zone Management (ICZM)
Sebagai konsekuensi dari negara kepulauan, kawasan pesisir di Indonesia berkembang menjadi kawasan dengan pertumbuhan yang cukup pesat, mengingat kawasan pesisir dapat menyediakan ruang dengan aksesibilitas tinggi dan relatif murah dibandingkan dengan ruang daratan. Oleh karena itu, pesisir menjadi tempat tujuan pergerakan penduduk. Hampir 60% jumlah penduduk di kota-kota besar, seperti Jakarta, Surabaya, Semarang, Medan, dan Makassar menyebar ke daerah pesisir (Adibroto, 1999: 125; Dahuri, et al, 2001; Burbridge, 1988). Pada umumnya kota-kota pada kawasan pesisir di Indonesia memiliki berbagai peran, antara lain: potensi penyedia sumber daya alam, kawasan industri dan pelabuhan, perikanan, pariwisata dan permukiman. Selain itu juga, berkaitan dengan kemudahan akses dan hubungan antar pulau dan antar wilayah itulah sebagian besar kota-kota di Indonesia berada di kawasan pesisir.
Berdasarkan fakta tersebut, dapat dikatakan bahwa pengelolaan kawasan pesisir merupakan komponen penting yang perlu diperhatikan dalam menunjang pembangunan di Indonesia. ICZM merupakan suatu pendekatan yang komprehensif yang dikenal dalam pengelolaan wilayah pesisir, berupa kebijakan yang terdiri dari kerangka kelembagaan dan kewenangan hukum yang diperlukan dalam pembangunan dan perencanaan pengelolaan untuk kawasan pesisir yang terpadu dengan tujuan lingkungan hidup dan melibatkan seluruh sektor yang terkait (Post and Lundin, 1996). Tujuan dari ICZM adalah untuk memaksimalkan potensi keuntungan yang diperoleh dari kawasan pesisir dan meminimalkan dampak negatif dalam pengelolaan kawasan pesisir, baik pada sumber daya alam maupun terhadap lingkungan hidup.
Pengelolaan Wilayah Pesisir Terpadu (PWPT) yang dikenal istilah Integrated Coastal Zone Management (ICZM) pertama kali dikemukakan pada Konferensi Pesisir Dunia (World Conference of Coast) yang digelar pada tahun 1993 di Belanda. Pada forum tersebut, PWPT diartikan sebagai proses paling tepat menyangkut masalah pengelolaan pesisir, baik untuk kepentingan saat ini maupun jangka panjang, termasuk di dalamnya akibat kerugian habitat, degradasi kualitas air akibat pencemaran, perubahan siklus hidrologi, berkurangnya sumber daya pesisir, kenaikan muka air laut, serta dampak akibat perubahan iklim dunia (Subandono, et al, 2009). Lebih jauh, Subandono, et al, (2009) juga menyatakan bahwa konsep PWPT menyediakan suatu kerangka perencanaan dan pengelolaan yang tepat dalam menaklukkan berbagai kendala dan permasalahan dalam pengelolaan wilayah pesisir, seperti adanya pengaturan institusi yang terpecah-pecah, birokrasi yang berorientasi pada satu sektor, konflik kepentingan, kurangnya prioritas, kepastian hukum, minimnya pengetahuan kedudukan wilayah dan faktor sosial lainnya, serta kurangnya informasi dan sumberdaya.
Pengelolaan sumber daya kelautan di Madura sangat erat kaitannya dengan Undang-Undang Nomor 32 Tahun 2014 tentang Kelautan. Undang-Undang ini memberikan landasan hukum bagi pemerintah dan masyarakat Madura untuk secara berkelanjutan mengelola potensi kelautan yang dimiliki wilayah tersebut. Madura, sebagai pulau yang terletak di sekitar Selat Madura dan Laut Jawa, memiliki sumber daya kelautan yang melimpah, seperti ikan, terumbu karang, dan berbagai ekosistem laut lainnya. Dalam konteks Undang-Undang Nomor 32 Tahun 2014, prinsip-prinsip pengelolaan berkelanjutan menjadi kunci utama dalam memastikan keberlanjutan eksploitasi sumber daya kelautan Madura. Undang-Undang tersebut menetapkan beberapa prinsip pengelolaan sumber daya kelautan, termasuk pengelolaan berbasis ekosistem, partisipasi masyarakat, penegakan hukum, dan perlindungan lingkungan. Pemerintah daerah di Madura diharapkan untuk mengimplementasikan kebijakan-kebijakan yang mendukung prinsip-prinsip tersebut guna melibatkan masyarakat setempat dalam pengelolaan sumber daya kelautan.
Pendekatan Pemberdayaan Masyarakat Pesisir Pulau Madura
Dalam upaya pengentasan kemiskinan masyarakat pesisir, terdapat lima pendekatan digunakan (Nikijuluw, 2001). Pendekatan inilah yang dilakukan oleh Kementerian Kelautan dan Perikanan maupun instansi pemerintah lainnya, pemerintah daerah, dan khususnya lembaga swadaya masyarakat dalam bentuk yayasan dan koperasi telah banyak yang melakukan kegiatan pemberdayaan masyarakat. Kelima pendekatan tersebut adalah:
Penciptaan lapangan kerja alternatif sebagai sumber pendapatan lain bagi keluarga,
Mendekatkan masyarakat dengan sumber modal dengan penekanan pada penciptaan mekanisme mendanai diri sendiri (self-financing mechanism),
