Â
Akan tetapi, kondisi ini tidak berlangsung lama, konflik antara Republik dan AFNEI pada akhirnya tidak bisa dielakkan. Misi utama AFNEI yang membias adalah salah satu pemicunya. Hal ini karena ulah NICA di bawah pimpinan Humbertus van Mook.
Â
-
Â
Bagi Pemerintah Repunlik yang baru terbentuk, karena situasi Jakarta tidak kondusif lagi sebagai pusat pemerintahan, kedudukan Pasukan AFNEI di Kemayoran dengan pusat pemerintahan di sekitar Kawasan Gambir sangat rentan bagi Indonesia. Selain itu, di berbagai tempat terjadi pertempuran antara kedua belah pihak. Artinya, Jakarta sewaktu-waktu dapat menjadi arena perang.
Â
Salah satu pertempuran terbesar antara Pasukan Sekutu dengan Pihak Republik terjadi di Kota Surabaya. 10 November 1945. Kejadian Surabaya diawali oleh tindakan pasukan NICA secara sepihak mengibarkan bendera Belanda di atas Hotel Yamato, di pusat Kota Surabaya. Hal ini memicu kemarahan pemuda serta masyarakat Surabaya. Pemuda kemudian berhasil menaiki Hotel Yamato dan menyobek warna biru di bawah bendera Belanda. Insiden ini kemudian berlanjut dengan tewasnya seorang Jendral Sekutu Brigadir Jendral (Brigjen) Albertin Walter Sothern Mallaby yang oleh Sekutu diumumkan akibat serangan pemuda Surabaya kepada sang jendral ketika memimpin sebuah patroli Pasukan Sekutu.
Â
Pasukan Sekutu kemudian mengultimatum pemegang pemerintahan di Surabaya menyerahkan pelaku pembunuhan Mallaby dan seluruh angkatan bersenjata meletakkan senjatanya. Ultimatum ini ditolak dengan tegas oleh pihak Republik karena bukan mereka penyebab gugurnya Jendral Mallaby.
Â
