Philomena bukan hanya perempuan yang lahir dari keluarga Katholik yang taat, tetapi juga lama hidup di biara. Sementara Martin Smith adalah mantan Journalis yang karirnya menanjak sampai menjadi juru bicara pemerintahan Tony Blair sebelum dia dipecat dari Downing Street.
Semasa mudanya, Philomena melakukan kekeliruan memalukan bagi keluarganya. Philomena hamil diluar nikah. Untuk menutupi aib juga membersihkan dosa ini, keluarga mengirim Philomena ke biara. Disanalah Philomena melahirkan sampai anaknya "diadopsi" oleh sebuah keluarga.
Mempunyai anak diluar nikah dan menyembunyikan keberadaan anaknya, menjadi rahasia hidup Philomena. Sampai akhirnya usia tua, Philomena tidak bisa menutupi itu. Pada saat itulah Philomena bertemu Martin Smith yang berencana melanjutkan karir menulisnya setelah dipecat Downing Street. Awalnya Martin mau menulis sejarah Russia dan menganggap menulis human interest sebagai sesuatu yang cengeng. Tetapi mendengar pemaparan Philomena, Smith tertarik menulis human interest tentang perjuangan Philomena menemukan anaknya. Martin akan menemani Philomena mencari anaknya tersebut.
Pertemuan dan perjalanan Philomena dan Martin Smith inilah yang mengingatkan kita tentang Agama dan Humanisme.
Philomena bukan hanya perempuan yang mengakui adanya Tuhan, tetapi juga tidak pernah lupa ke Gereja. Sementara Martin adalah orang yang atheis, tidak percaya agama dan hanya percaya kepada kemanusiaan.
Martin sendiri tidak habis pikir kenapa Philomena masih percaya Tuhan dan institusi keagamaan seperti biara. Bagi Martin, biara itu kejam dan sudah menghancurkan kehidupan Philomena.
Selama di biara, Philomena memang diperlakukan tidak layak. Dia bekerja tujuh hari dalam seminggu dengan imbalan makan dan tempat tidur. Dalam sehari, Philomena hanya punya waktu satu jam bertemu anaknya.
Setelah itu, anaknya diadopsi tanpa persetujuan dan pemberitahuan kepada siapakah anaknya diberikan. Semua dilakukan karena menganggap Philomena penuh dosa dengan anak diluar nikahnya itu.
Martin bertambah marah manakala biara tidak bisa memberikan dokumen-dokumen adopsi anak Philomena. Padahal dokumen itu diperlukan Martin untuk menelusuri keberadaan anak Philomena sekarang.
Menurut para suster, seluruh dokumen itu sudah habis karena gudang administrasi terbakar. Namun investigasi Martin terhadap penduduk sekitar gereja menyatakan lain. Gedung administrasi sengaja dibakar demi menghilangkan bukti bahwa biara terlibat dalam penjualan anak berkedok adopsi.
Kecurigaan Martin semakin menguat ketika pihak biara tidak bisa memberikan dokumen adopsi, tetapi bisa memberikan satu lembar dokumen utuh dengan tanda tangan Philomena muda yang menyatakan menyerahkan kepengurusan anaknya terhadap biara dan tidak akan menuntut apapun di kemudian hari.
