Menurut Roe et al. (1997), pengembangan pariwisata berdampak pada tiga aspek utama, yakni lingkungan, sosial-budaya, dan ekonomi. Kegiatan ekowisata bahari, meskipun membawa dampak positif, juga bisa menimbulkan dampak negatif pada alam dan nilai budaya setempat. Dampak buruk pada lingkungan mencakup pencemaran, degradasi, kerusakan lanskap, kerusakan komunitas vegetasi, keanekaragaman hayati, dan tumpukan sampah.Â
Selain itu, manajemen pariwisata yang kurang baik, kurang perhatian terhadap kapasitas lingkungan, serta kurangnya kesadaran masyarakat lokal dan wisatawan dalam menjaga alam juga dapat menciptakan dampak negatif seperti erosi tanah akibat frekuensi kunjungan yang tinggi, kerusakan vegetasi karena perubahan lanskap alam, peningkatan sampah, dan polusi suara dari kendaraan bermotor.
Dampak negatif yang juga timbul dalam aspek sosial-ekonomi dan budaya mencakup peniruan perilaku oleh penduduk lokal, peningkatan orientasi materialistik, fluktuasi penjualan yang tidak teratur, gangguan moral di kalangan masyarakat setempat, penurunan pendapatan, berkurangnya minat wisatawan terhadap produk seni tradisional, penurunan daya tarik pariwisata, termasuk atraksi budaya tradisional, serta penurunan kreativitas dalam beberapa festival atau perayaan bersejarah dan keagamaan.
Dalam konteks ekowisata bahari, aktivitas ini menghasilkan dampak positif yang bervariasi, seperti memberikan manfaat ekonomi bagi pemerintah dan komunitas setempat, meningkatkan pemahaman lingkungan alam, memberikan insentif bagi pengelolaan sumber daya alam yang berkelanjutan, dan memberikan peluang penelitian. Dampak-dampak ini mencakup berbagai aspek, termasuk aspek fisik, biologis, ekonomi, sosial, budaya, dan politik.
Kesimpulannya, setiap kegiatan ekowisata bahari memiliki implikasi pada berbagai aspek lingkungan alam dan sosial-ekonomi. Penting untuk meningkatkan kesadaran dan komitmen terhadap pelestarian lingkungan, memperluas peluang pekerjaan, serta melibatkan masyarakat lokal dalam semua tahapan kegiatan.
Tantangan dan Hambatan
Disamping itu pengembangan ekowisata bahari memiliki beberapa hambatan yang perlu diatasi untuk mencapai keberlanjutan dan pertumbuhan yang optimal. Beberapa hambatan :Â
 Kebiasaan Buruk (Sampah)
Tenaga pariwisata harus bisa mencegah kebiasaan buruk para penyelam baik penyelam lokal maupun turis. Untuk itu, lokasi wisata harus dijaga kebersihannya agar selalu jauh dari sampah. Ketua Asosiasi Wisata Selam Indonesia menyatakan bahwa para wisatawan harus memahami bahwa mereka harus menjaga keindahan tempat wisata.Â
 Instruktur atau Tenaga Profesional Bahari
Indonesia saat ini terus melakukan uji sertifikasi para tenaga ahli atau profesional terkait wisata bahari, perbaikan sumber daya manusia harus terus dilakukan oleh beragam klub.
