Sebagai pimpinan, Buya Iskandar Tuanku Mudo cukup cekatan, mampu melahirkan para santri yang hebat dalam dunia leadership.
Dia orang organisasi, sempat jadi Ketua PCNU Padang Pariaman, dan sempat melakukan pembaruan di pesantren itu, sebelum akhirnya dia wafat tahun 1994.
Tak lama, kedudukan Buya Iskandar Tuanku Mudo yang pernah jadi anggota DPRD Padang Pariaman dari Golkar itu selaku pimpinan digantikan oleh Buya Marzuki Tuanku Labai Nan Basa. Alumni Madrasatul 'Ulum asal Singgalang, Tanah Datar.
Dari 1994-2020 Buya Marzuki Tuanku Labai Nan Basa memegang peranan yang cukup penting di pesantren tersebut.
Pengalamannya yang sempat kuliah sebentar, tentu menjadi ajang kelangsungan Madrasatul 'Ulum berikutnya.
Dia terus mengayuh biduk pesantren itu, di tengah perginya sang inspirator, Buya Abdullah Aminuddin Tuanku Shaliah pada 1996, atau dua tahun berjalan dia menetap kembali di pesantren itu.
Gonjang ganjing dan dinamika di internal dan eksternal pesantren, mampu dikendalikan Buya Marzuki Tuanku Labai Nan Basa dengan baik.
Setahun jelang dia wafat, dia suruh Buya Marulis Tuanku Mudo untuk mengulang kaji anak siak di pesantren itu, terutama yang kelas tujuh atau yang sedang jadi "marapulai kaji".
Buya Marzuki Tuanku Labai Nan Basa pun pergi setelah sekian hari mengalami sakit yang cukup berat, dan Buya Marulis Tuanku Mudo pun langsung dinobatkan sebagai pimpinan untuk masa depan pesantren itu.
Madrasatul 'Ulum adalah sekolah swasta yang bersifat terbuka. Era kepemimpinan tunggal, sejak kepergian Buya Abdullah Aminuddin Tuanku Shaliah, tidak lagi jadi sakti di pesantren itu.
Kini, boleh dibilang lembaga itu dijalankan bersama alumni, dengan memberikan mandat tak tertulis ke Buya Marulis Tuanku Mudo untuk menjalankannya.
