Agus Sunyoto adalah penulis tentang Syekh Siti Jenar diterbitkan oleh LKiS Yogyakarta ke dalam 7 buku, yang dapat dikelompokkan menjadi trilogi yang memuat tentang babak-babak perjalanan ruhani Syekh Siti Jenar.
"Kita tidak tahu apakah Syekh Siti Jenar yang dikenal penyebar bid'ah dan sesat itu sejatinya memang demikian, sesuai tuduhan yang dialamatkan kepadanya," kata Agus Sunyoto.
Menurutnya, pencitraan dan stigma itu tergantung sepenuhnya pada sumber-sumber historiografi yang mencacat tentangnya. Untuk itulah, dia menulis tentang Syekh Siti Jenar dengan menggunakan pendekatan verstehen dengan metode kualitatif kepada para guru Tarekat Akmaliyah, dan sumber-sumber historiografi naskah kuno yang lainnya asal Cirebon, seperti Negara Kertabumi, Pustaka Rajya-Rajya di Bhumi Nusantara, Purwaka Caruban nagari, dan Babad Cirebon.
Menurutnya, di dalamya tidak dijumpai tentang stereotip negatif mengenai Syekh Siti Jenar yang digambarkan berasal dari cacing, dan mayatnya menjadi anjing.
Dengan menggunakan perspektif baru, Â pembacaan terhadap Syekh Siti Jenar dan yang terkait dengan konteks kehidupannya, zamannya, sosial-budaya/kultural, sosial-politik dan seterusnya, ia memberikan sebuah gambaran tentang Syekh Siti Jenar yang manusiawi dan pembaharu keagamaan, serta pro wong cilik yang berbeda dengan kebanyakan buku-buku dan anggapan yang memberikan stigma negatif terhadap Syekh Siti Jenar.
Sidang Para Wali
Syekh Siti Jenar dikenal di tengan masyarat sebagai penyebar ajaran "manunggaling kawula Gusti". Ini tercermin dari kisah ketika Sunan Giri memimpin musyawarah para wali. Dalam musyawarah itu ia mengajukan masalah Syeh Siti Jenar.
Ia menjelaskan bahwa Syeh Siti Jenar telah lama tidak kelihatan sholat berjamaah di masjid. Hal ini bukanlah perilaku yang normal. Syekh Maulana Maghribi berpendapat bahwa itu akan menjadi contoh yang kurang baik dan bisa membuat orang mengira wali teladan meninggalkan syariah nabi Muhammad.
Sunan Giri kemudian mengutus dua orang santrinya ke gua tempat Syekh Siti Jenar bertapa dan memintanya untuk datang ke masjid. Ketika mereka tiba, mereka diberitahu hanya Allah yang ada dalam gua.
Mereka kembali ke masjid untuk melaporkan hal ini kepada Sunan Giri dan para wali lainnya.
Sunan Giri kemudian menyuruh mereka kembali ke gua dan menyuruh Allah untuk segera menghadap para wali. Kedua santri itu kemudian diberitahu, Allah tidak ada dalam gua, yang ada hanya Syeh Siti Jenar.
