Sementara itu, Robert Barnes menemukan satu komunitas muslim di Lamakera, Solor yang sudah eksis sejak misionaris Portugis, Pastor Baltazar Diaz SJ berkunjung ke tempat itu pada 1559. Pastor itu mendapati sebuah masjid dan sejumlah orang muslim di Lohayong, Solor.
Studi itu menunjukkan bahwa penyebaran Islam ke NTT terjadi sejak abad ke-16. Studi itu dipublikasikan di dua seri jurnal antropologi dan kebudayaan terkemuka dan bereputasi baik, Anthropos dengan judul  Lamakera, Solor: ethnohistory of a Muslim Whaling Village of Eastern Indonesia (1995) dan Lamakera, Solor: Ethnographic Noteson a Muslim Whaling illage of eastern Indonesia (1996).
Selanjutnya, berkembang beberapa hipotesis tentang cikal bakal kaum muslim di NTT. Pertama, kontak Islam paling awal di Solor dan Timor terjadi dengan Kesultanan Ternate di Utara Maluku pada awal abad ke-16.Â
Kedua, bersumber dari para pedagang muslim dan penguasa dari Makassar dalam rentang waktu yang sama. Ketiga, hubungan dengan kaum muslim dari Kesultanan Bima di Pulau Sumbawa, NTT. Relasi ini terjadi setelah Sultan Bima menyatakan kedaulatan atas Raja Manggarai sekitar tahun 1785.
Beberapa hipotesis itu kemudian dijawab oleh hasil penelitian yang dipublikasikan di buku tersebut. Ditemukan tiga kategori kelompok etnis di NTT berdasarkan asal-usul dan lokasi.
Pertama, kaum muslim pribumi Lamaholot di Pulau Solor, Adonara, dan Lembata. Disebutkan mayoritas penduduk muslim di daerah itu adalah kaum muslim asli Lamaholot, sisanya orang Kedang. Selain itu ditemukan kaum muslim Lamaholot di Kampung Solor di Kupang dan di Kalabahi, Alor.
Kedua, muslim pribumi Ende di Pulau Ende, Kabupaten Ende, serta di Peisir Pulau Flores. Mereka ini berelasi kuat dengan kaum muslim lain di Kabupaten Sikka, pantai selatan Kabupaten Nagekeo, dan pantai selatan Kabupaten Manggarai.
Ketiga, kaum muslim dari Arab, Jawa, Sumatra (Padang), Bajo dan Bima, serta Sulawesi Selatan (Bugis, Buton, dan Makassar). Mereka adalah pelaut, nelayan, dan pedagang yang bertandang ke NTT sekitar awal abad ke-17. Mereka tersebar di wilayah pesisir Manggarai, Ngada, dan Nagekeo, di pantai utara Kabupaten Ende, pantai utara Kabupaten Sikka, serta di Kalabahi (Kabupaten Alor), Kupang, dan Pulau Rote.
Nusa Tetap Toleran
Dari berbagai studi yang dilakukan, kemudian bisa kita konfrontasikan dengan kenyataan saat ini, mengemuka sejumlah kenyataan.
Pertama, relasi kaum Muslim dan para pemeluk lainnya selalu terjalin harmonis. Kehidupan yang rukun dan damai selalu terjaga dari waktu ke waktu. Hampir tak pernah terdengar adanya gesekan antarapemeluk agama di NTT. Bahkan hubungan tersebut menjadi semakin erat diikat tali kekerabatan, persaudaraan, dan kawin-mawin.
