Frans Kaisiepo membantu prajurit Indonesia berjuang pada Operasi Trikora ini. Hingga tiba saat akhirnya berakhir, perjuangan dilanjutkan dengan jalur Diplomasi. Tepat pada tanggal 1 Mei 1963, secara resmi Perserikatan Bangsa-Bangsa (PBB) menyerahkan Irian Barat kepada Pemerintah Republik Indonesia.
Pada saat itu Irian Barat belum mempunyai gubernur, pada saat itu juga Frans Kaisiepo diangkat menjadi gubernur Irian Barat yang pertama, dan untuk tugasnya pada saat itu ialah melaksanakan PEPERA (Penentuan Pendapat Rakyat). PEPERA ini bertujuan untuk mengetahui suara rakyat apakah mereka ingin bergabung ke Republik Indonesia atau menginginkan merdeka dengan berdiri sendiri.
Setelah melaksanakan referendum rakyat
Irian Barat memilih untuk bergabung kembali dengan Republik Indonesia.
