Pada saat bersamaan, PSSI baru saja melakukan restrukturisasi kompetisi. Divisi Utama yang tadinya liga tertinggi, sejak musim itu menjadi kasta kedua menyusul dibentuknya Liga Super Indonesia (LSI).
Kendati berstatus tim promosi, Persibo langsung membuat gebrakan. Mereka tampil baik di Divisi Utama dan berhasil merangsek ke papan atas klasemen.
Penampilan lebih mengagumkan ditunjukkan di ajang Piala Indonesia. Persibo melaju jauh hingga ke perempatfinal, di mana tinggal menyisakan delapan tim terbaik dari ratusan peserta.
The Giant Killer
Dalam perjalanannya ke delapan besar, Persibo mengalahkan tiga tim LSI: Arema Indonesia, Persik Kediri dan Pelita Jaya. Dari sinilah julukan The Giant Killer mulai tersemat.Â
Semusim berselang, Persibo berhasil menduduki posisi runner-up Grup 3 Divisi Utama, di bawah Persiram Raja Ampat. Ganjarannya adalah lolos ke babak 8 besar untuk memperebutkan 3 jatah promosi ke LSI 2010-11 sekaligus gelar juara.
Di babak 8 Besar, lagi-lagi Persibo duduk di posisi runner-up Grup B di bawah Deltras Sidoarjo. Keduanya lolos ke fase gugur untuk ditandingkan dengan Persiram dan PS Semen Padang dari Grup A.
Hasil undian mempertemukan Persibo dengan Persiram di semifinal. Kali ini klub berjuluk Laskar Angling Dharma itu sukses mengungguli lawan sekalipun dengan skor tipis 1-0.
Di partai final, Deltras sudah menanti usai mengandaskan perlawanan Semen Padang lewat adu penalti. Pertarungan berlangsung alot dan tetap imbang 0-0 hingga 120 menit tuntas dimainkan.
Drama adu penalti pun digelar.
Mungkin karena masih kelelahan akibat dua hari sebelumnya juga melakoni adu penalti di semifinal, tiga algojo Deltras gagal menunaikan tugas. Sebaliknya dari kubu Persibo hanya satu yang tendangannya tak masuk gawang.
Persibo keluar sebagai juara Divisi Utama 2009-10 dengan keunggulan 3-1 atas Deltras.