Beberapa jejak perjuangannya dapat kita lihat dengan jelas. Seperti upayanya menghapus diskrimansi terhadap masyarakat Tionghoa yang pernah terjadi sebelumnya. Demikian juga dengan penghargannya kepada  masyarakat Papua sebagai bagian dari masyarakat Indonesia.
Selain itu, dalam berbagai kesempatan kita juga bisa menemukan bagaimana tokoh yang juga merupakan Presiden ke-3 RI ini sering berperan dalam perjuangan kaum minoritas guna memperjuangkan hak-haknya yang sering.
Sebagai generasi penerus, kita perlu mewarisi dan terus menghidupkan apa yang telah diperjuangkan Gus Dur ini. Hal ini penting dilakukan demi menjaga keutuhan kita sebagai bangsa.
Bagaimana caranya kita menerapkan nilai-nilai dari pluralisme ini ?
Ada dua hal pokok yang perlu kita lakukan.
1. Memandang perbedaan sebagai sebuah keniscayaan.
Hidup ini tak lepas dari perbedaan. Perbedaan adalah sebuah keniscayaan, sesuatu yang pasti yang tak bisa ditolak kehadirannya. Karena itu keberadaannya tidak perlu dipertentangkan.
Perbedaan harus dipandang sebagai hal yang positif. Yang memberi warna dan menjadi penyemangat kehidupan.
2. Membudayakan toleransi diantara sesama manusia.
Toleransi artinya saling menghormati dan menghargai. Dalam hal ini , kita menghargai dan menerima keberadaan orang lain yang kebetulan berbeda dengan kita.
Tak hanya menghargai, dalam toleransi juga perlu diiringi sikap tidak merendahkan orang lain maupun memaksakan kehendak atau menafikan keberadaan dari sebuah perbedaan.