Unsur tersebut terdiri dari :
Unsur daerah : yaitu wakil-wakil yang dipilih oleh rakyat daerahnya masing-masing misalnya per KPS, per Distrik dan lain-lain.
Unsur Parpol/Ormas: yaitu wakil-wakil yang dipilih oleh partai atau Organisasinya masing-masing.
Unsur Tradisionil : yaitu Kepala-kepala Suku/Adat yang berpengaruh dan merupakan pemimpin-pemimpin masyarakat Irian Barat secara tradisionil.
Pelaksanaan Pepera dilaksanakan dengan sistem perwakilan terangkum dalam sebuah buku yang dipublikasikan oleh Perserikatan Bangsa-Bangsa, yang disebutkan bahwa, “under arrangements made by the Government of the Republic of Indonesia and approved by the local West lrianese councils, consultative assemblies were set up, with a total membership of 1025, which, between 14 July and 2 August 1969, pronounced themselves, without dissent, in favour of the territory remaining.” Selanjutnya pelaksanaan Pepera disampaikan kepada Sekretaris Jenderal PBB dan berdasarkan hal tersebut Sekjen PBB membuat laporan untuk disetujui oleh Majelis Umurn PBB.
Besarnya perwakilan dalam Dewan Musyawarah PEPERA itu akan meliputi 750 orang pendududk diwakili oleh 1 (satu) orang wakil dari 800.000 jiwa penduduk seluruh Irian Barat. Dengan demikian wakil keseluruhan dari Rakyat Irian Barat akan melebihi jumlah 1.000 orang dan ini adalah suatu jumlah perwakilan yang cukup besar. Tetapi karena jumlah penduduk setiap kabupaten ini tidak sama maka jumlah perwakilan setiap kabupaten akan berkisar 75 orang wakil untuk kabupaten yang jumlah penduduknya lebih sedikit dan 175 orang wakil untuk jumlah penduduk yang lebih padat. Maka berdasarkan perhitungan itu jumlah anggota Dewan Musyawarah PEPERA per kabupaten akan perperinci sebagai berikut :
Jayapura : Jumlah penduduk 81.246 – jumlah wakil 110
Teluk Cenderawasih : Jumlah penduduk 93.230 – jumlah wakil 130
Manokwari : Jumlah penduduk 53.290 – jumlah wakil 75
Sorong : Jumlah penduduk 86.840 – jumlah wakil 110
Fak-fak : Jumlah penduduk 38.917 – jumlah wakil 75
Merauke : Jumlah penduduk 141.373 – jumlah wakil 175
Paniai : Jumlah penduduk 156.000 – jumlah wakil 175
Peg.Jayawijaya : Jumlah penduduk 165.000 – jumlah wakil 175
Dengan demikian maka jumlah Perwakilan adalah 1.025 orang
Sedangkan prosentase dan besarnya keanggotaan dari setiap unsur dalam Dewan musyawarah PEPERA itu tiap kabupaten diserahkan kepada penentuan oleh masing-masing daerah kabupaten. Cara pemungutan PEPERA di dalam DMP (Dewan Musyawarah Pepera) itu dilakukan dengan cara musyawarah antara Pemerintah dengan Dewan tersebut. Yang diambil adalah kesepakatan dalam musyawarah tanpa ada pemungutan suara secara perorangan, dengan mengajukan pertanyaan sesuai dengan pasal XVII Persetujuan New York ,yaitu :
Tetap di dalam RI atau Tidak (artinya, melepaskan hubungan)
Musyawarah-musyawarah di 8 Kabupaten ini akan dihadiri dan disaksikan oleh Duta Besar Fernando Ortiz Sanz sebagai Wakil dari Sekretaris Jenderal PBB U Thant. Hasil keseluruhannya akan merupakan hasil “PEPERA” seluruh rakyat Irian Barat, hasil mana nantinya akan diberitahukan kepada DPRD Propinsi Irian Barat di Jayapura. Didalam DMP itu nanti maka anggota-anggota DPRD Kabupaten yang memenuhi syarat persetujuan New York, yaitu mereka yang telah merupakan penduduk/ rakyat Irian Barat sejak 15 Agustus 1962, akan merupakan inti (kern) dari pada DMP secara otomatis tanpa dipilih kembali oleh rakyat (Soemowardojo, 1969).
Dewan Musyawarah PEPERA yang mewakili penduduk seluruhnya. Jadi kalau Dewan Musyawarah PEPERA suatu Kabupaten memutuskan tetap dalam RI, maka putusan itu dihitung sebagai putusan seluruh jumlah penduduk kabupaten. Dengan demikian nanti pada akhirnya (setelah musyawarah) semua “Dewan Musyawarah PEPERA” Kabupaten selesai dapat dihitung berapa jumlah penduduk yang ingin tetap dalam RI, berapa tidak. Proses Musyawarah ini disaksikan oleh Missi Ortiz Sanz. Sesuai dengan Persetujuan New York tugas Missi Ortis Sanz adalah “to assist, advices and participate in the aranggements” dari pada pelaksanaan PEPERA yang diadakan oleh Pemerintah RI atas tanggung jawab Pemerintah RI.
Missi Ortiz Sanz dalam memberikan advices itu adalah untuk membantu supaya Pemerintah RI dapat melakukan tugasnya sesuai dengan ketentuan-ketentuan “Persetujuan New York” dan dengan “participation” diartikan “to be present” atau menyaksikan pelaksanaan tersebut. Tetapi yang berwenang memutuskan ialah Pemerintah RI yang memegang sole responsibility, tanggung jawab tunggal dalam pelaksanaan itu. Dalam proses pelaksanaan PEPERA Missi Ortiz Sanz dapat ikut hadir atau menyaksikan, baik dalam konsultasi dengan DPRD kabupaten, maupun dalam proses pembentukan “Dewan Musyawarah PEPERA” dan akhirnya dalam Musyawarah PEPERA itu sendiri.
Secara berturut-turut musyawarah PEPERA akan dilaksanakan menurut jenjang waktu yang sudah ditetapkan, yaitu:
Merauke : tanggal 14 Juli 1969
Jayawijaya : tanggal 16 Juli 1969
Nabire : tanggal 19 Juli 1969
Fak-fak : tanggal 23 Juli 1969
Sorong : tanggal 26 Juli 1969
Manokwari : tanggal 29 Juli 1969
Biak : tanggal 31 Juli 1969
Jayapura : tanggal 2 Agustus 1969
Musyawarah PEPERA di tiap kabupaten dihadiri oleh :
Ketua dan para anggota DMP
Menteri Dalam Negeri / Ketua Perutusan Pemerintah Pusat.
Menteri Luar Negeri
Utusan Sekretaris Jenderal PBB dipimpin oleh Duta Besar Ortiz Sanz
Beberapa Duta-Besar Negara-negara sahabat.
Wartawan-wartawan dalam dan luar Negeri.
Para Peninjau.
