Pada tanggal 15 Agustus 1962 ditandatangani pula Memorandum Pengertian Bersama mengenai Penghentian Permusuhan yang akan berlaku mulai tanggal 18 Agustus 1962, dan Memorandum-memorandum lainnya mengenai soal-soal keuangan, surat-surat perjalanan, pembukaan kembali hubungan diplomatik antara Belanda dan Indonesia serta soal-soal detail lainnya.
Persetujuan antara Republik Indonesia dan Kerajaan Belanda tentang Nieuw Guinea Barat (Irian Barat), dipahami oleh kedua negara bahwa:
Memperhatikan persetujuan itu,
Mengakui peranan yang diserahkan kepada Sekretaris Jenderal di dalam persetujuan itu,
Mengusahakan kepada Sekretaris Jenderal untuk melaksanakan tugas yang dipercayakan kepadanya didalam Persetujuan.
Jelaslah bahwa Persetujuan tersebut merupakan :
Sebuah Persetujuan bilateral antara Pemerintah Indonesia dan Pemerintah Belanda mengenai Irian Barat.
Persetujuan disetujui dan dicatat oleh Sidang umum sebagai suatu dokumen
Dalam pelaksanaan Persetujuan tersebut PBB memaklumi peranan dan memberi kuasa kepada Sekretaris Jenderal PBB untuk melaksanakan tugas-tugas yang dipercayakan kepadanya dalam Persetujuan tersebut
Bahwa Persetujuan sekarang ini merupakan persetujuan tentang Irian Barat yang lebih kuat, bahkan mengatasi segala persetujuan-persetujuan yang terdahulu.
Penyerahan Pemerintahan seperti dimaksud dalam pasal II Persetujuan tersebut dilaksanakan sesuai dengan Aide Memoire U Thant kepada Indonesia mengenai Bendera dan Penyerahan Kuasa tertanggal 31 Juli 1962, yang kemudian diamandemen dengan Aide Memoire tanggal 15 Agustus1962 yang berbunyi:
Kekuasaan Pemerintah Nederland atas wilayah Irian Barat akan dihentikan pada saat Wakil Khusus Sekretaris Jenderal mulai memangku jabatannya. Pada hari itu juga bendera Perserikatan Bangsa-Bangsa akan dikibarkan.
Sejak tanggal hari itu juga penarikan dan pemulangan pasukan-pasukan bersenjata Nederland akan dimulai dibawah pengawasan Wakil Khusus Sekretaris Jenderal dan akan diselesaikan secepat mungkin.
Pada hari penyerahan wilayah Irian Barat kepada Perserikatan Bangsa-Bangsa, bendera Nederland akan dikibarkan berdampingan dengan bendera Perserikatan Bangsa-Bangsa, dan akan berkibar sampai tanggal 31 Desember 1962.
Penyerahan kekuasaan kepada Indonesia akan dilaksanakan secepat mungkin sesudah tanggal 1 Mei 1963.
Maka pada 1 Oktober 1962, Wakil Gubernur Jenderal Belanda H. Veldkamp menyerahkan kekuasaannya atas Papua Barat kepada sebuah badan PBB yang khusus dibentuk untuk mengurusi masalah Papua bernama UNTEA (United Nations Temporary Executive Authority). Pada acara penyerahan itu, H. Veldkamp mengatakan: “Mulai saat ini, akibat persetujuan Indonesia dan akibat persetujuan Internasional yang berhubungan dengan itu, maka tanah dan bangsa Nieuw Guenea Barat telah ditempatkan di bawah kepemerintahan yang baru : Penguasa sementara Perserikatan Bangsa-Bangsa. Kedaulatan Netherland atas tanah ini telah berakhir. Tibalah suatu jangka waktu yang baru, jangka mana berlangsung sampai pada saat pertanggunganjawab atas pemerintahan diserahkan kepada Indonesia sepenuhnya” (Sihombing, 2006)
Pemerintah UNTEA atas wilayah Irian Barat dilaksanakan berdasarkan Persetujuan tersebut dalam pasal VII s/d/ XIII. Dalam taraf pertama Pemerintah UNTEA mengatur penggantian pejabat-pejabat tertinggi Nederland dengan pejabat-pejabat bukan Belanda dan bukan Indonesia. Di samping itu sesuai dengan pasal X pemerintahan UNTEA berkewajiban mengadakan penerangan-penerangan secara meluas tentang persetujuan tersebut beserta akan dilaksanakannya penyerahan Pemerintahan kepada Indonesia dan akan dilaksanakan Penentuan Pendapat Rakyat selambat-lambatnya pada akhir tahun 1969. Kepada penguasa UNTEA diberikan pula wewenang untuk mengeluarkan perundang-undangan yang dipandang perlu dengan bermusyawarah dengan Dewan-dewan Perwakilan yang ada sesuai dengan pasal IX Persetujuan tersebut.
Dalam taraf kedua Penguasa UNTEA diberi kebijaksanaan untuk menyerahkan Pemerintahan seluruhnya atau sebagian kepada Indonesia. Wewenang penguasa UNTEA akan berakhir pada saat penyerahan Kekuasaan Pemerintahan sepenuhnya kepada Indonesia (pasal XI). Pasukan-pasukan keamanan PBB akan diganti dengan Pasukan Keamanan Indonesia (Pasal XIII).
Pada umumnya Pemerintahan UNTEA melanjutkan Organisasi Pemerintahan dari zaman Pemerintahan Belanda, hanya dengan penggantian pejabat-pejabat dan nama-nama Dinas serta Urusan. Berangsur-angsur pegawai-pegawai Belanda meletakkan jabatannya dan meninggalkan Irian Barat. Dan berangsur-angsur pula tempat mereka diisi dengan pegawai-pegawai Republik Indonesia. Pegawai-pegawai Bangsa Belanda yang terakhir meninggalkan Irian Barat dalam bulan Maret 1963 dan pada tanggal 1 Mei 1963 Pemerintahan sepenuhnya diserahkan oleh Penguasa UNTEA kepada Republik Indonesia (Soemowardojo, 1969)
PEPERA
Pembantu khusus Menlu untuk urusan Irian Barat Sudjarwo Tjondronegoro SH sebagai Ketua Kelompok Pelaksanaan Bidang Persetujuan New York telah mengeluarkan sebuah memorandum. Memorandum tersebut adalah merupakan suatu kebijaksanaan dan mencakup seluruh rencana kerja pelaksanaan PEPERA. Dalam memorandum itu telah ditetapkan bahwa pelaksanaan PEPERA di Irian Barat akan dilakukan dengan cara yang demokratis. Cara tersebut telah mendapatkan pengertian yang baik dari Pemerintah Kerajaan Belanda dan Sekretaris Jenderal PBB U Thant serta utusannya Duta Besar Fernando Ortiz Sanz.
Memorandum ini meliputi, pelaksanaan itu akan dilakukan di delapan (8) Kabupaten dan setiap kabupaten akan dibentuk sebuah badan atau Dewan Musyawarah Rakyat (Dewan Musyawarah Kabupaten) yang akan merupakan perwakilan dari seluruh kabupaten itu, yang lebih besar dari pada DPRD Kabupaten yang hanya berjumlah 25 orang (untuk setiap kabupaten). Besarnya “Dewan Musyawarah PEPERA” itu disesuaikan dengan banyaknya jumlah unsur perwakilan yang mencakup seluruh masyarakat Irian Barat.
