Ketidakpuasan yang terpendam muncul di dalam gereja itu sendiri, yang mencerminkan tekanan dari masyarakat. Para bidah seperti kaum Albigensian dibasmi dengan kekerasan berdarah. Namun tren oposisi baru muncul, terkadang menyamar dalam kedok mistisisme. Ekonom dan sejarawan Swiss abad ke-19, Sismondi, mengatakan:
"Semangat reformasi yang sama yang menggerakkan kaum Albigensian menyebar ke seluruh Eropa. Banyak orang Kristen yang marah dengan korupsi dan keburukan yang dilakukan para pendeta atau bereaksi terhadap penindasan gereja terhadap kebebasan berpikir mereka. Mereka ingin menjalani kehidupan yang damai dan kontemplasi. Mereka meninggalkan semua ambisi dan kesenangan duniawi dan mencari jalan baru menuju keselamatan dimana iman dan akal sehat dapat bersatu. Mereka menyebut diri mereka kaum Cathar atau Yang Termurnikan; paterini atau penurut."Â
Ordo Dominikan dan Fransiskan didirikan pada awal abad ke-13 untuk memerangi ajaran sesat, anti-gereja, dan ide-ide filosofis baru. Sismondi menceritakan hal berikut tentang Paus Innosensius III:
"Dia mendirikan dua ordo pengemis, yaitu Fransiskan dan Dominikan, sebagai pembela Gereja, yang harus menundukkan semua aktivitas pemikiran, memerangi nalar yang semakin meningkat, dan memusnahkan semua ajaran sesat. Ia mempercayakan kepada kaum Dominikan kekuasaan Inkuisisi yang mengerikan, sebuah institusi yang ia dirikan sendiri untuk menemukan, menganiaya, dan mempermalukan para reformis baru, yang, di bawah sebutan paterini, dengan cepat menjadi semakin banyak jumlahnya di Italia." Â
Penindasan dengan kekerasan terhadap segala jenis oposisi selalu menjadi ciri perilaku otoritas gerejawi dari tingkat tertinggi, yang berulang kali terjadi dalam sejarah kepausan. Ketika Paus Urbanus VI tidak mendapat dukungan dari para kardinalnya, ia memecahkan masalah tersebut dengan mudah dengan menuduh mereka melakukan konspirasi melawan kepausan. Banyak kardinal yang tersiksa di hadapannya, sementara dia dengan tenang meraba rosarionya. Kardinal lain memerintahkan dia untuk dipecat dan ditenggelamkan di laut. Biksu reformasi Girolamo Savonarola, pendahulu Luther dari Italia, disiksa sampai dia mengakui semua kejahatan yang dituduhkan padanya. Dia dibakar hidup-hidup di tiang pancang oleh dua biksu lainnya. Contohnya tidak terhitung jumlahnya.
Perkembangan ilmu pengetahuan terhambat selama berabad-abad karena kontrol spiritual Gereja yang menyesakkan. Kaum skolastik melakukan banyak upaya intelektual, namun mereka meluas ke dalam perdebatan yang tak berkesudahan dan rumit tentang, misalnya. jenis kelamin malaikat. Tidak seorang pun diperbolehkan melanggar batas yang ditetapkan oleh dogma gereja. Orang yang mungkin harus diperhitungkan secara serius.
Oleh karena itu diperlukan keberanian yang besar ketika seorang skolastik Inggris, Roger Bacon (sekitar tahun 1214-1292), berani mempertanyakan dogmatisme skolastik dan ketundukan pada otoritas. Bertentangan dengan zeitgeist dan mengantisipasi metodologi ilmiah selanjutnya, dia menganjurkan studi eksperimental tentang alam. Karena sains belum lepas dari alkimia dan astrologi, tidak mengherankan jika unsur-unsur tersebut dimasukkan dalam tulisan Bacon. Tak disangka, atas kelancangannya itu ia diganjar dengan dilarang mengajar di Oxford dan diasingkan ke biara karena pandangan sesatnya. Dalam kondisi yang ada, dia bisa lolos dengan harga murah.
Nominalisme merupakan aliran filosofis baru yang muncul saat ini dan menyatakan bahwa semua yang universal (konsep umum) hanyalah sebutan untuk benda-benda individual. Engels menjelaskan bahwa dalam hal ini mereka mendekati materialisme:
"Materialisme adalah anak lahir dari Inggris. Bahkan pada saat itu, Duns Scotus yang terpelajar bertanya pada dirinya sendiri apakah materi tidak dapat berpikir.
Untuk mewujudkan mukjizat ini, ia berlindung pada kemahakuasaan Tuhan, yaitu ia memaksakan teologi itu sendiri untuk mengajarkan materialisme. Dia juga seorang nominalis. Nominalisme merupakan elemen penting dalam kaum materialis Inggris, seperti halnya pada umumnya merupakan ekspresi pertama dari materialisme." Â
