Perang antara Yunani dan Persia dimulai sekitar 500 SM. Pada saat itu, negara-kota Ionia, yaitu Yunani, di Asia Kecil memberontak melawan pendudukan Persia. Setelah Persia, diperintah oleh Raja Darius I, menumpas pemberontakan dan pada tahun 494 SM Pada 300 SM mereka membakar Miletus, kota yang paling tidak patuh, dalam kampanye pembalasan terhadap Yunani untuk menghukum kolaborator Ionia, terutama Athena. Darius begitu yakin akan kemenangan sehingga dia merasa tidak perlu memimpin pasukannya sendiri. Sebaliknya, dia menyerahkan kepemimpinan kepada jenderalnya, Datis, yang menjadi nama kampanye ini. 490 SM tentara Persia dan Athena bentrok di Pertempuran Marathon. Yang sangat mengejutkan sebagian besar saksi kontemporer, orang Athena, di bawah kepemimpinan ahli strategi mereka Miltiades, mampu menang dan mengusir Persia lagi. Itu adalah sensasi yang nyata, sebuah Injil bagi orang Athena dan kebanyakan orang Yunani. Sebagian besar dari mereka sudah pasrah untuk tunduk ketika mereka mengetahui kemenangan Athena.
Namun, melemahnya Persia tidak berlangsung lama. Xerxes, putra Darius dan penerusnya sejak tahun 486, kembali menyusun rencana untuk menjinakkan pembangkang dalam ekspedisi hukuman yang dipimpinnya sendiri. Pertama, Persia menghadapi Spartan, 300 Spartan yang legendaris, di Thermopylae Pass yang sempit pada tahun 480. Herodotus kemudian menulis  Spartan lebih baik mati daripada menyerah kepada Persia. Meski Persia mampu memenangkan pertempuran, tiga ratus orang yang mampu melawan barbar selama beberapa hari menjadi legenda. Adegan terkenal di Herodotus, bagaimana langit menjadi gelap karena hujan panah yang sangat besar dari Persia dan salah satu Spartiate kemudian dengan sombong berkata: " Jika Media menggelapkan matahari, maka mereka akan bertarung di tempat teduh dan bukan di bawah sinar matahari. Hanya satu bulan kemudian, pada bulan September, armada Athena dan Persia bertemu di Salamis. Orang Persia kembali dipermalukan oleh kemenangan orang Yunani dan akhirnya dikalahkan pada tahun berikutnya di Pertempuran Plataea dan di pertempuran laut di Pegunungan Mykale. Ancaman dari Persia dengan demikian dapat dihindari, dan pada tahun-tahun berikutnya Yunani ditaklukkan kembali, terutama oleh orang Athena.
Menengok ke belakang, menjadi jelas betapa pentingnya peristiwa Perang Persia itu. Pentingnya sejarah dunia mereka tidak bisa ditaksir terlalu tinggi. Pertimbangkan apa yang akan terjadi jika Persia menang melawan Yunani dan memasukkan Hellas ke dalam kerajaan oriental mereka. Eropa akan terlihat berbeda hari ini, dunia akan terlihat berbeda. Dalam ulasannya tentang "Sejarah Yunani" George Grote, John Stuart Mill liberal Inggris, tidak sepenuhnya tanpa alasan, menciptakan kalimat: "Pertempuran Marathon lebih penting bagi sejarah Inggris daripada di Hastings. Seandainya hari itu berakhir berbeda, orang Inggris dan Saxon masih akan tinggal di hutan." Christian Meier menambahkan: "Dari Salamis itu berlaku dalam pengertian yang jauh lebih tinggi. Jarang dalam sejarah, bisa dikatakan, begitu banyak yang dipertaruhkan dalam pertempuran."
Herodotus sendiri membuat pertimbangan kontrafaktual dalam "Sejarah" -nya dengan mengklaim  jika orang Athena melarikan diri dari tanah air mereka seperti orang Phocaean atau jika mereka menyerah seperti orang Tesalia, polis Yunani lainnya, terutama Sparta, tidak akan pernah bisa menang.  Dengan melakukan itu, dia membuat kesejahteraan dan kesengsaraan kebebasan dan kemerdekaan Yunani hanya bergantung pada nasib Athena. Secara historis hal ini tidak sepenuhnya jelas, tetapi ini menunjukkan antusiasme Herodotus terhadap Athena. Faktanya adalah  perlawanan Yunani terutama bertumpu pada pundak orang Athena. Untuk mereduksi perang Persia menjadi duel antara Persia dan Athena tidak akan adil bagi peran polis lainnya. Tanpa dukungan mereka,  akan dipertanyakan apakah Athena akan menang.
Setelah perang, Yunani mengalami fase stabilitas dan kemakmuran budaya yang panjang, zaman Pentekontaetia, fase yang  membentuk Herodotus. Dengan lambatnya demokratisasi beberapa polis, bertahun-tahun pertempuran partai dan perang saudara  muncul. Bangsawan berperang melawan demokrat, dan kadang-kadang bahkan seorang tiran mengambil keuntungan dari saling melemahkan. Ini bisa menjadi sangat tidak nyaman bagi pendukung satu pihak atau pihak lain ketika lawan sedang berkuasa. Konon Herodotus sendiri harus mengungsi sementara kampung halamannya ke Pulau Samos.
Setelah tiran digulingkan di sana, Herodotus kembali ke Halikarnass, tetapi meninggalkan kota tidak lama kemudian setelah partai aristokrat menang di sana. masa-masa sulit, tempat Herodotus dibesarkan dan membuat pengalaman pertamanya dengan politik. Namun demikian, terlepas dari semua kekacauan, ini  tetap menjadi titik balik penting dalam kehidupan sejarawan, karena ini menandai awal dari ketidaksinambungan dan kecintaan besar pada perjalanan yang dikembangkan Herodotus dan yang membawanya ke berbagai tempat sepanjang hidupnya. Dia hampir tidak tahu tanah air asal usulnya.
