Selama beberapa hari berikutnya, Nietzsche mengirim teks pendek---dikenal sebagai Wahnzettel (secara harfiah, "Catatan tentang Delusi")---ke sejumlah teman, termasuk Cosima Wagner dan Jacob Burckhardt. Kebanyakan dari mereka ditandatangani "Dionysos", tetapi beberapa  ditandatangani "der Gekreuzigte" yang berarti "yang disalibkan". Kepada mantan rekannya Burckhardt, Nietzsche menulis:
Aku telah mengikat Kayafas dengan rantai. Tahun lalu saya  disalibkan oleh dokter Jerman dengan cara yang sangat berlarut-larut. Wilhelm, Bismarck dan semua anti-Semit dihapuskan.
Selain itu, ia memerintahkan Kaisar Jerman untuk pergi ke Roma untuk ditembak dan meminta kekuatan Eropa untuk mengambil tindakan militer terhadap Jerman. Dia  menulis  Paus harus dimasukkan ke dalam penjara dan  dia, Nietzsche, telah menciptakan dunia dan akan membuat semua anti-Semit ditembak mati.
Pada tanggal 6 Januari 1889, Burckhardt menunjukkan kepada Overbeck surat dari Nietzsche. Keesokan harinya, Overbeck menerima surat serupa dan memutuskan  teman-teman Nietzsche harus membawanya kembali ke Basel. Overbeck pergi ke Turin dan membawa Nietzsche ke klinik psikiatri di Basel. Pada saat itu, Nietzsche tampaknya sepenuhnya dalam cengkeraman penyakit mental yang serius, dan ibunya Franziska memutuskan untuk memindahkannya ke sebuah klinik di Jena di bawah arahan Otto Binswanger.
Pada Januari 1889, mereka melanjutkan dengan rencana penerbitan Twilight of the Idols, yang pada saat itu sudah dicetak dan dijilid. Dari November 1889 hingga Februari 1890, sejarawan seni Julius Langbehn berusaha menyembuhkan Nietzsche, karena ia berpendapat  metode dokter tidak efektif dalam mengobati kondisi Nietzsche. Langbehn secara bertahap mengambil kendali lebih besar atas Nietzsche sampai kerahasiaannya mendiskreditkannya.
Pada bulan Maret 1890 Franziska mengeluarkan Nietzsche dari klinik dan pada bulan Mei 1890 membawanya ke rumahnya di Naumburg. Selama proses ini, Overbeck dan Gast mempertimbangkan apa yang harus dilakukan dengan karya-karya Nietzsche yang tidak diterbitkan. Pada bulan Februari mereka memesan edisi pribadi Nietzsche versus Wagner dalam lima puluh eksemplar, tetapi penerbit CG Naumann diam-diam mencetak seratus eksemplar. Overbeck dan Gast memutuskan untuk menahan diri dari penerbitan Antichrist dan Ecce Homo karena konten mereka yang lebih radikal. Penerimaan dan pengakuan Nietzsche menerima dorongan pertamanya.
Selama proses ini, Overbeck dan Gast mempertimbangkan apa yang harus dilakukan dengan karya-karya Nietzsche yang tidak diterbitkan. Pada bulan Februari mereka memesan edisi pribadi Nietzsche versus Wagner dalam lima puluh eksemplar, tetapi penerbit CG Naumann diam-diam mencetak seratus eksemplar. Overbeck dan Gast memutuskan untuk menahan diri dari penerbitan Antichrist dan Ecce Homo karena konten mereka yang lebih radikal. Penerimaan dan pengakuan Nietzsche menerima dorongan pertamanya.
Pada tahun 1893, saudara perempuan Nietzsche, Elisabeth, kembali dari Nueva Germania di Paraguay setelah suaminya bunuh diri. Dia mempelajari karya-karya Nietzsche dan mengambil kendali sedikit demi sedikit atas publikasi mereka. Overbeck dipecat dan Gast akhirnya bekerja sama.Â
Setelah kematian Franziska pada tahun 1897, Nietzsche tinggal di Weimar, di mana Elisabeth merawatnya dan mengizinkan pengunjung, termasuk Rudolf Steiner (yang pada tahun 1895 telah menulis Friedrich Nietzsche: seorang pejuang melawan zamannya, salah satu buku pertama yang memberi penghormatan kepada Nietzsche), Â untuk bertemu saudaranya yang tidak bisa dihubungi .Â
Elisabeth mempekerjakan Steiner sebagai tutor untuk membantunya memahami filosofi kakaknya. Steiner meninggalkan upaya itu setelah hanya beberapa bulan, menyatakan  mustahil untuk mengajarinya apa pun tentang filsafat.
Penyakit mental Nietzsche awalnya didiagnosis sebagai sifilis tersier, sesuai dengan paradigma medis yang berlaku saat itu. Meskipun sebagian besar komentator menganggap kehancurannya tidak terkait dengan filosofinya, Georges Bataille telah meninggalkan petunjuk gelap ("'Man jelmaan' Â harus menjadi gila") dan psikoanalisis anumerta Rene Girard mengungkapkan persaingan memuja dengan Richard Wagner.