Di Polandia  pertempuran sengit menunggunya dengan musuh-musuh iman. Di sini juga, kata-katanya memulihkan keberanian yang lemah dari yang lemah, membuat arogansi para bidat menjadi malu, membuat tekad kuat pada Raja Sigismund untuk melindungi hak-hak Gereja, dan dengan demikian mempersiapkan jalan bagi kemenangan puncaknya.Â
Masih banyak yang bisa dikatakan tentang tahun-tahun kerjanya yang panjang di Bavaria, Austria, Franconia, Swabia, Alsace, dan Breisgau; tentang misi-misi penting dan sulit yang dipercayakan kepadanya oleh para paus, dan bagian yang, sebagai seorang teolog terkemuka, ia berulang kali dipanggil untuk mempertimbangkan pembahasan Dewan Trent; dan banyak juga, dari banyak perguruan tinggi yang ia dirikan di Jerman, di mana tidak hanya buah dari kerja kerasnya berlipat ganda, tetapi dukungan kuat diberikan untuk agama, dan berkat diberikan untuk abad-abad mendatang.
Mustahil untuk menyaksikan tanpa heran kerja keras dari orang yang satu ini, yang kita jumpai, sekarang di Diets sebagai dewan pangeran-pangeran Katolik, - sekarang di konferensi agama, mengacaukan kesalahan dengan kebenaran, Â bepergian kesana kemari ke Roma, dikirim ke sana kemari dan ke sana dalam pelayanan Gereja, selalu mengabdikan dirinya sebagai guru dan pengakuan untuk keselamatan jiwa; dan kendatipun demikian, menemukan waktu untuk menghasilkan tulisan-tulisan yang banyak untuk membela iman.Â
Di antara ini, selain banyak karya yang lebih besar, dapat disebutkan katekismenya yang terkenal, atau "Abstrak Doktrin Kristen," yang telah melayani di Jerman sejak saat itu sebagai buku teks untuk pengajaran di sekolah dan gereja. Kita tidak dapat bertanya-tanya pada penghormatan di mana Canisius dipegang oleh semua orang terhebat pada masanya, dan yang menyebabkannya dinamai "pilar Gereja Utara" dan "Xavier of the West."Â
Musuh-musuhnya, membayarnya upeti dari pujian setinggi-tingginya, dengan mengatakan, ketika Protestan memberikan kesaksian, Â jika bukan karena dia, seluruh selatan Jerman akan berhenti menjadi Katolik. Tahun-tahun terakhir hidupnya dihabiskan oleh Canisius di Freiburg di Swiss. Bahkan sampai usia lanjut yang ekstrem ia melanjutkan pekerjaan kerasulannya, dan akhirnya, 21 Desember 1597, menutup kehidupannya yang aktif dan suci dengan kematian yang sama kudusnya. Â
Dalam kerendahan hatinya, ia mengaku sebagai pemuda yang sangat merepotkan, tetapi ia memiliki kecenderungan untuk sesekali sangat tersentuh secara spiritual dan memberikan tanda-tanda panggilannya di masa depan dengan "imam" Â membagikan Misa, berkhotbah, bernyanyi dan berdoa, kadang-kadang di depan sekelompok teman bermain.
Suatu faktor besar dalam panggilan St. Petrus adalah persahabatan seorang imam muda yang kudus, Pater. Nicholas van Esche, yang memberinya bimbingan rohani ketika dia pergi ke Cologne untuk belajar.Â
Santo Petrus saat itu berusia lima belas tahun. Dia tidak hanya mengaku kepada Pastor Nicholas, tetapi dia sering pergi kepadanya sebelum pensiun dan bercerita tentang semua kejatuhannya, perilaku bodohnya dan hal-hal yang mungkin telah menodai jiwanya pada hari itu. Keterbukaan dan kemauan untuk diarahkan ini tentu akan menuntunnya menuju kemajuan spiritual yang luar biasa.
Pada hari ulang tahunnya yang ke-22, saat melakukan retret di bawah Bl. Petrus  Faber, salah satu dari sembilan Jesuit asli, St. Petrus  Canisius bersumpah untuk memasuki Serikat Jesus yang baru didirikan. Dia melakukannya dan mulai novisiat segera setelah itu. Pada 12 Juni 1546, ia ditahbiskan menjadi imam di Cologne. Dua tahun berikutnya dia mengajar di Messina.
Pada 1549 St Petrus  memulai periode 30 tahun yang dihabiskan terutama di Jerman, di mana ia menyelesaikan pekerjaan utama dalam hidupnya. Dalam ensikliknya 1 Agustus 1897, Paus Leo XIII menyebut Santo Petrus Kanisius "rasul kedua Jerman setelah Santo Bonifasius."Â
Ia mengatakan  ia tidak dapat menggambarkan, tetapi hanya menyebutkan, "perincian dari orang suci yang luar biasa ini; dengan upaya apa dia bekerja keras untuk mengingat Tanah Air, yang sobek karena perselisihan dan perselisihan, dengan harmoni dan kerukunan kuno; dengan semangat apa ia memasuki medan melawan guru-guru kesalahan; dengan khotbah apa dia membangkitkan jiwa; masalah apa yang dia alami, berapa banyak daerah yang dia datangi, seberapa parah posisi kedudukan yang dia ambil sebagai penyebab Iman " (Militantis Ecclesiae, 1897) .