Joan Churchman membawa mahar besar bersamanya. Pada saat pernikahannya, Hooker tidak memiliki sarana keuangan yang diketahui, namun pada saat kematiannya ia meninggalkan tanah yang cukup luas.
Hooker meninggalkan posisinya di Gereja Kuil pada tahun 1591 dan menerima kehidupan Boscombe di Wiltshire . Terlepas dari posisi barunya, Hooker terus tinggal di rumah ayah mertuanya, di mana ia menulis karya agungnya, Dari Hukum Ecclesiasticall Politie .Â
Politie adalah babak terakhir dari apa yang disebut sebagai kontroversi peringatan : pada bulan Juni 1572 ulama London John Field dan Thomas Wilcox telah mengeluarkan dari pers rahasia Sebuah Peringatan untuk Parlemen , yang menuntut agar Ratu Elizabeth I mengembalikan "kemurnian" ibadah Perjanjian Baru di Gereja Inggris.Â
Meskipun pertimbangannya oleh Parlemen dilarang oleh ratu, Peringatan menjadi platform dari Orang-orang puritan  anggota Gereja Inggris yang menginginkan reformasi agama sejalan dengan yang dikembangkan di Jenewa oleh Calvin. Para uskup terkemuka, sekarang khawatir dengan pengaruh Peringatan , tahu  jawaban diperlukan, dan uskup agung Canterbury beralih ke John Whitgift , wakil rektor Universitas Cambridge , untuk membalas Peringatan .Â
Whitgift merespons dan pada gilirannya dijawab oleh Thomas Cartwright, profesor di Cambridge dan pendeta Puritan terkemuka. Kontroversi berlanjut di seluruh seri buku.
Peringatan itu masih banyak di benak Inggris ketika Hooker meninggalkan Kuil, dan dia memikul tanggung jawab untuk membalasnya. Politie adalah karya delapan buku, tetapi buku kelima adalah buku terakhir yang muncul dalam kehidupan Hooker. Tradisi  manuskripnya dihancurkan oleh menteri Puritan yang dibantu oleh istri Hooker tampaknya tidak benar. Kondisi tidak lengkap dari buku-buku terakhir Politie hanya berarti  Hooker belum merevisinya pada saat kematiannya.
Di Politie , Hooker membela gereja Elizabethan melawan Katolik Roma dan Puritan. Dia menjunjung tinggi tiga otoritas Tradisi Anglikan  Alkitab, gereja, dan alasan. Katolik Roma menempatkan Alkitab dan tradisi pada paritas sebagai otoritas untuk kepercayaan, sedangkan Puritan memandang Alkitab sebagai otoritas tunggal. Hooker menghindari kedua hal yang ekstrem, membiarkan otoritas mutlak Alkitab ketika berbicara dengan jelas dan tegas; di mana itu diam atau ambigu , kebijaksanaan akan berkonsultasi dengan tradisi gereja, tetapi dia bersikeras  unsur ketiga terletak pada akal manusia.
Yang harus dipatuhi setiap kali Kitab Suci dan tradisi membutuhkan klarifikasi atau gagal untuk menutupi beberapa keadaan baru. Inti dari pemikiran Hooker tentang hubungan gereja dan negara adalah persatuan. Dalam pandangannya, kaum Puritan mengambil posisi yang mustahil: mereka mengaku setia kepada ratu sambil menolak gerejanya. Dengan hukum dan alasan, orang-orang Inggris haruslah orang Anglikan, berjanji untuk melayani Elizabeth sebagai hakim tertinggi negara dan gubernur gereja yang tertinggi.
Menurut tradisi, Hooker melayani gereja-gereja di Drayton Beauchamp, Buckinghamshire , dan Boscombe, Wiltshire, mengikuti masa jabatannya sebagai penguasa Kuil, tetapi lebih mungkin ia mempraktikkan pluralisme , yang berarti ia menerima gajinya sebagai pendeta tetapi mengizinkan pendeta yang lebih rendah untuk melakukan tugas-tugas yang dibutuhkan paroki. Pada 1595 ia menerima janji sebagai vikaris Bishopsbourne, dekat Canterbury, dan pada 1597 buku kelima Politie diterbitkan. Dia meninggal tiga tahun kemudian dan dimakamkan di Bishopsbourne.
Pada 1585 Hooker terpilih sebagai pemimpin Gereja di London . Kandidat lain untuk posisi ini adalah Walter Travers, seorang Calvinis yang penuh semangat yang telah menulis Deklarasi Ecclesiastical Disiplin Lengkap dan Plaine dari Firman Tuhan (1574); meskipun dia belum menerima perintah Anglikan, dia diangkat menjadi pengajar (pengkhotbah) Gereja Kuil. Hooker, seorang Anglikan yang setia, berkhotbah di pagi hari, dan Travers, seorang Calvinis yang tegas, pada sore hari. Demikianlah dikatakan  sidang-sidang Bait Suci mendengar Canterbury di pagi hari dan Jenewa pada sore hari.
Dengan kekalahan Armada Spanyol pada 1588, Gereja Inggris tidak lagi menghadapi kemungkinan pemulihan Katolik Roma di negara itu. Namun, gereja Inggris sekarang ditantang oleh Calvinisme, tidak hanya dalam doktrin tetapi  dalam organisasi gerejawi.Â