Pertama menurut pemerintah Orde Baru, dalang di balik Gestapu adalah PKI sendiri.
Kedua menurut PKI dan ahli Indonesia di Cornell University, dalang di balik Gestapu adalah pertentangan internal Angkatan Darat.
Ketiga menurut Peter Dale Scott penulis buku 'CIA dan Penggulingan Bung Karno' menyebut CIA merupakan dalang di balik Gestapu.
Keempat menurut Wertheim, seorang Ilmuwan Belanda yang mendalami perubahan sosial Indonesia, menyebut Soeharto-lah yang menjadi dalang di balik Gestapu.
Terakhir, menurut Presiden Soekarno yang menyebut dalang di balik Gestapu adalah PKI, Tentara, dan Nekolim.
Tentu semua versi itu mempunyai alasan dan kesaksian yang membuktikan argumentasinya. Jika pembaca selama ini hanya percaya pada versi yang pertama, berarti Anda mengamini versi sejarah yang dibuat oleh pemenang pada saat itu yakni Orde Baru yang dikomandani oleh Soeharto dan para pendukungnya.
Mengutip Majalah Tempo, ternyata versi resmi pemerintah Orba ini didukung oleh beberapa penulis dan peneliti, salah satunya Guy J Pauker. Dalam dua artikel panjang yang ia tulis, menyimpulkan Gestapu adalah puncak gerakan ofensif revolusioner PKI. Gerakan ini sudah dipersiapkan sebelum isu Dewan Jenderal memuncak.
Memercayai pendapat tersebut tentu sah-sah saja, tidak salah namun juga tidak benar. Tidak salah karena itu hak pribadi untuk menjadikan versi mana yang dijadikan kiblat sejarah. Namun juga tidak benar, pikiran tertutup (close minded)Â terhadap penemuan fakta sejarah lainnya.
Karena tidak semua peneliti sepakat dengan teori PKI maupun Soekarno sebagai dalang di balik peristiwa Gestapu. Benedict Anderson dan Ruth McVey, dua ahli Indonesia asal Universitas Cornell, Amerika Serikat menyimpulkan PKI tidak terlibat sama sekali dalam Gestapu.
Gestapu merupakan persoalan internal di kalangan Angkatan Darat. Pada saat-saat terakhir ada yang memancing supaya PKI terseret.
Monografi itu terbit setahun pasca Gestapu. Konon para analisis belum ingin mempublikasikannya sebagai hasil akhir.
