3. Ruangan intermembran
Ruang intermembran adalah ruang sempit antara membran luar dan membran dalam. Ruang intermembran memiliki komposisi yang sama dengan sitoplasma sel. Ruangan intermembran ini memiliki perbedaan kandungan protein.
4. Krista
Krista ini adalah membran dalam yang berlekuk-lekuk seperti yang sudah saya jelaskan tadi. Krista ini berfungsi untuk memperluas permukaan membran, perluasan ini dapat meningkatkan kerja organel mitokondria dalam proses respirasi sel.
5. Matriks
Matriks memiliki bentuk seperti gel. Matriks ini mengandung ratusan enzim yang memiliki konsentrasi tinggi. Matriks ini berfungsi sebagai tempat dimana siklus asam sitrat terjadi. Selain itu matriks juga berisi DNA mitokondria, ribosom, dan butiran ion.
Mitokondria adalah organel independen sehingga memiliki ribosom dan DNA sendiri. Karena independen maka mitokondria mampu mereplikasi DNA dan mengontrol pembelahan oleh dirinya sendiri. DNA pada mitokondria ini sering disebut sebagai mtDNA. DNA mitokondria ini hanya sebagian kecil dari DNA yang ada di dalam sel, sedangkan sebagian besar DNA berada pada nukleus, dan kloroplas (pada tumbuhan). Jumlah DNA mitokondria ini jauh lebih banyak daripada DNA inti. DNA yang terdapat pada inti sel berasal dari kedua orangtua. Lalu dari manakah DNA yang ada pada mitokondria didapatkan?
Asal mitokondria ini dari mana?
Para ahli telah memperdebatkan masalah ini selama bertahun-tahun. Karena mitokondria ini memiliki DNA sendiri maka beberapa ilmuwan berpendapat bahwa mitokondria ini berasal dari organisme hidup bebas yang pada suatu saat dimakan atau diserap oleh bakteri. Hal ini dapat disebut sebagai endosimbiosis. Endosimbiosis ini berbeda dengan endositosis, endositosis berarti sel ditelan dan dicerna sebagai makanan. Sedangkan endosimbiosis  berarti sel-sel tersebut ditelan tetapi tidak dicerna, sehingga sel-sel tersebut hidup bersama. Teori endosimbiosis ini pertama kali dinyatakan oleh Lynn Margulis pada sekitar tahun 1960. Teori ini dinyatakan dalam bukunya yang berjudul "Symbiosis in Cell Evolution"pada tahun 1981. Lynn Margulis adalah seorang mantan ahli biologi Universitas Boston. Sebelumnya telah dinyatakan beberapa teori asal mula organel pada tahun 1905 oleh seorang ahli botani dari Rusia yang bernama Konstantin Mereschkowsky. Kemudian gagasan ini mulai dihubungkan dengan mitokondria pada tahun 1920an oleh ahli biologi Ivan Waillin.
Ada beberapa bukti yang meyakinkan teori endosimbiosis dari Lynn Margulis. Bukti-bukti tersebut yaitu :
1. Organisasi DNA memiliki bentuk lingkaran sehingga menyerupai bakteri plasmid
