Senna berhasil finish di posisi pertama hari itu, namun kemudian didiskualifikasi karena menerima push start, memotong chicane setelah tabrakan dengan Prost, dan karena menyeberang ke pitlane entry yang bukan bagian dari Track. Prost keluar sebagai juara dunia 1989. Unggul 16 points dari Senna.
Tabrakan dengan Prost terjadi lagi di Suzuka 1990. Kali itu Prost sudah bergabung bersama Scuderia Ferrari. Selepas start Prost melesat di depan Senna yang segera mencoba overtake Prost pada sisi dalam di tikungan pertama.
Prost membelok ke kanan dari sisi luar, sementara Senna terus menginjak pedal gas dan keduanya pun bertabrakan pada kecepatan 270 kph hingga keluar dari perlombaan.Â
Prost menganggap Senna sengaja melakukannya agar mereka sama-sama gagal finish dan Senna keluar sebagai juara dunia. Unggul 9 points, Senna keluar sebagai juara dunia. Setahun kemudian Senna mengungkapkan bahwa dia memang sengaja menabrak Prost sebagai balasan atas kecelakaan mereka di Suzuka di tahun 1989 yang lalu hingga memberi Prost gelar juara dunia saat itu.
Pada tahun 1991, Senna merupakan juara dunia tiga kali termuda. Ia meraih tujuh kemenangan dan meningkatkan rekor pole position nya menjadi 60 pole dari 127 start dalam kariernya. Sementara itu Prost di Ferrari justru agak meredup dan tidak lagi menjadi pesaing serius.Â
Senna memenangkan empat balapan pertama saat para lawannya berjuang untuk menyamai kecepatan dan kehandalannya. Pada pertengahan musim hanya Nigel Mansell di Williams-Renault yang mampu bersaing dengannya.
Senna pun tetap di McLaren, atas dasar loyalitas. Namun ia harus menelan kekecewaan atas kesulitan McLaren untuk bersaing dengan mobil Williams FW14B yang lebih superior dibanding McLaren MP4 / 7A. Dengan sistem suspensi aktif dan menganut teknologi "Drive by wire" FW14B mendominasi tahun itu.Â
ada saat kualifikasi di Grand Prix Inggris di Silverstone, di mana Williams yang dikemudikan Mansell lebih cepat 2 detik dibandingkan Patrese, sementara Patrese satu detik lebih cepat dari Ayrton Senna yang berada di posisi ketiga.Â
Launching McLaren MP4/7A tertunda dan debutnya baru terlaksana pada balapan ketiga musim ini; Brazilian GP. MP4/7A tidak memiliki suspensi aktif, punya masalah dalam ketahanan dan tidak dapat diprediksi di tikungan cepat. Seolah melengkapi penderitaan McLaren; dapur pacu Honda V12 yang bersemayam di dalam MP4, bukan lagi yang terhebat di sirkuit.