Pasca penaklukkan, penaamaan wilayah dari Sunda Kelapa beralih menjadi Jayakarta. Terinpirasi dari Surat Al Fath ayat 1 yang berarti kemenangan, maka Jayakarta berarti kota yang berjaya. Penyebutan istilah Jayakarta ini kelak menjadi cikal bakal terbentuknya nama Jakarta.
Era Kolonialisme Turut Mengubah Jayakarta
Kota Jayakarta memang menjadi tempat perdagangan komoditas antar pedagang pribumi maupun  pedagang asing, tetapi ketika datangnya negeri Belanda pada tahun 1619 terjadi pembaharuan dan perluasan wilayah.Â
Masuknya Belanda diawali dengan ekspedisi penjelajah mereka yang dipenuhi oleh para pelaut handal, mereka datang dengan tujuan awal mencari rempah-rempah.
Lambat tahun, tujuannya ialah menguasai perdagangan Nusantara dengan cara memonopoli. VOC (Vereenidge Oost Indische Compagnie) merupakan perusahaan raksasa sekaligus kongsi dagang, Â Faktor terbentuknya adalah untuk menyatukan dan menjalin kerja sama antar pedagang Belanda. Â
VOC mendapat fasilitas dan hak istimewa dari Belanda untuk memuluskan tujuan mereka yaitu memonopoli. Alhasil mereka mulai menyerang dan melakukan penaklukkan wilayah-wilayah kerajaan di Nusantara yang tidak mau tunduk dan patuh terhadap kebijakan mereka.Â
Salah satu yang terdampak ialah Jayakarta yang ditaklukkan oleh Belanda. VOC yang mempunyai kekuatan basis militer berhasil menguasai wilayah Jayakarta dan menjadikan nama kota ini menjadi Batavia atas prakarsa J.P Coen.Â
Ia memiliki jabatan yang strategis yakni Gubernur Jenderal, lantas memindahkan kantor VOC yang semula dari Maluku pindah ke Batavia dengan alasan yang strategis.
Batavia kini di hiasi dengan model-model negeri Belanda layaknya Eropa, mulai dari bangunan-bangunannya  sekilas dibuat mirip dengan aslinya. Nama Batavia sendiri digunakan lebih dari 3 abad lamanya, mulai sekitar 1619 hingga 1942.
Beberapa ratus tahun kemudian, saat-saat VOC sedang di ambang kebangrutan dan mulai berkuasanya Jepang di Indonesia turut berpengaruh terhadap kondisi Batavia.Â
Di bawah kependudukan Jepang ini, Batavia berganti nama menjadi Djakaruta Tokubetsu Shi atau Djakarta pada 8 Desember 1942. Perubahan nama itu dilakukan atas dasar sebagai bagian dari de-Nederlandisasi. Atau dengan kata lain penamaan Jakarta yang populer hingga kini.