PDIP kemudian menjadi partai oposisi terbesar di era Orde Baru dan mendukung gerakan reformasi yang menuntut pengunduran diri Soeharto pada 1998. Setelah Soeharto lengser, PDIP kembali menang dalam pemilu 1999 dan Megawati menjadi Wakil Presiden di bawah Presiden Abdurrahman Wahid.
Namun, hubungan antara Wahid dan Megawati tidak harmonis dan terjadi krisis politik yang berujung pada pemakzulan Wahid oleh MPR pada 2001. Megawati pun naik menjadi Presiden Kelima Indonesia dan memimpin hingga 2004.
Pada pemilu 2004, PDIP kalah dari Partai Demokrat yang diusung oleh Susilo Bambang Yudhoyono. Megawati pun gagal mempertahankan jabatannya sebagai presiden dan menjadi pemimpin oposisi. PDIP juga kalah dalam pemilu 2009 dan meang di pemilu 2014 mengalahkan Partai Gerindra.
Pada pemilu 2019, PDIP berhasil meraih kemenangan dengan mendapatkan 19,33 persen suara. PDIP juga mendukung Joko Widodo sebagai calon presiden yang berhasil mengalahkan Prabowo Subianto untuk kedua kalinya. PDIP saat ini menjadi partai penguasa di Indonesia dan memiliki peran penting dalam pembangunan nasional.
