Beberapa hari terakhir UIN Jakarta menjadi sorotan media nasional terkait dugaan jual beli jabatan rektor. Dugaan ini berkembang saat mantan Ketua Mahkamah Konstitusi Mahfud MD memberikan statement dalam acara Indonesia Lawyers Club (ILC) pada hari selasa (19/03) seperti ini,
"Itu Prof. Andi Faisal Bakti (AFB) dua kali menang pemilihan rektor di UIN tidak diangkat, pertama dia terpilih menjadi rektor di UIN Makassar, terpilih menang, tapi begitu menang dibuat aturan bahwa yang boleh menjadi rektor disitu adalah mereka yang sudah tinggal di UIN 6 bulan terakhir paling tidak, nah Andi Faisal Bakti ini dosen UIN Makassar tetapi ia pindah ke Jakarta, karena sesudah pulang ke Jakarta dia pindah tugas di Jakarta. Dia terpilih di sini, dan aturan bahwa harus 6 bulan itu  dibuat sesudah dia menang, dibuat tengah malam lagi. Tidak dilantik, saya ajak kepengadilan, saya bantu, menang, ingkrah, perintah pengadilan harus dilantik tapi tidak dilantik juga, diangkat rektor lain.
Andi Faisal Bakti sekarang dosen UIN, oke...Andi Faisal Bakti seorang pegawai negeri jadi dia tidak melawan. Tahun lalu ia ikut pemilihan lagi, menang lagi tidak dilantik lagi di UIN Ciputat". Sampai di situ fokus pembicaraan Mahfud MD adalah kejadian yang telah lalu tentang dua kali gagalnya AFB dilantik jadi rektor meskipun sudah dua kali menang. Hal itu yang menimbulkan pertanyaan bagi banyak pihak, sudah menang dipengadilan kok bisa tidak dilantik?"
Lalu ia melanjutkan pembicaraannya,
"saya baru dapat kiriman, katanya malam ini mahasiswa-mahasiswa di Ciputat sedang demonstrasi, memprotes kebijakan pemerintah, kenapa ada pemilihan yang tidak disosialisasikan lebih dulu cara pemilihannya, saya tidak tau apakah benar atau ingin memprovokasi karena saya sedang bicara di sini, bisa dicek sekarang!"
Pada statement ini, nampaknya Mahfud mendapat informasi langsung dari orang yang ada di Ciputat, namun ia sudah mewanti-wanti agar tidak langsung percaya dengan cara langsung mengecek kelapangan. Artinya pernyataan yang ia buat masih perlu diafirmasi terlebih dahulu. Secara tidak langsung Mahfud menyampaikan agar penonton tidak langsung membuat konklusi.
"AFB itu masih ada orangnya, bahkan sumber yang saya cocokan dengan Pak Yasin tadi, AFB didatangi orang dimintai 5 miliar kalau mau jadi rektor, saya dengar dari orang, mungkin Pak Yasin dengar dari orang juga, mungkin juga dengarnya langsung dari Pak AFB cuma Pak Yasin agak halus, gak nyebut namanya, saya sebut namanya sekarang, biar tidak dianggap ini gosip. Ini pengelolaan manajemen macam apa?"
Dalam pernyataan ini, Mahfud hanya memberitahukan kalau dia punya sumber tentang tawaran untuk menjadi rektor kepada AFB dengan mahar 5 miliar tanpa menyebutkan nama-nama yang lain.
Dari tiga pernyataan tersebut kalau kita analisis sebenarnya adalah sebuah pertanyaan kepada publik, pertama, AFB sudah menang 2 kali bahkan sampai dibawa kepengadilan, tapi kenapa tidak dilantik, dengan sumber yang dia punya, Mahfud mempertanyakan mekanisme pengangkatan rektor?
Kedua, demo apa yang sedang dilakukan mahasiswa?
Mahfud tidak menuduh bahkan ikut campur urusan UIN Jakarta terkait pemilihan rektor, namun sayangnya pernyataannya tidak dicerna baik oleh banyak pihak, termasuk oleh Rektor UIN Jakarta sendiri. Â Dia meresponnya seperti ini "kepada pihak luar diminta agar tidak turut campur untuk memperkeruh suasana, dan membangun opini negatif terhadap institusi UIN Jakarta.
