Spiritualitas Romo Mangunwijaya adalah fondasi dari seluruh pemikiran dan tindakannya, baik dalam ranah sosial maupun politik. Sebagai seorang imam Katolik, ia sangat meyakini bahwa keyakinan iman tidak bisa dipisahkan dari perjuangan membela keadilan dan martabat manusia. Ia selalu menekankan bahwa aksi sosial yang ia lakukan bukan hanya didasari oleh ideologi politik, tetapi juga oleh etika dan moralitas yang bersumber dari ajaran kasih dan keadilan dalam agama Katolik. Romo Mangun percaya bahwa iman tanpa perbuatan adalah kosong, dan oleh karena itu, keyakinan religiusnya menjadi bahan bakar bagi komitmennya untuk memperjuangkan hak-hak kaum lemah, melawan ketidakadilan, serta membela lingkungan. Baginya, setiap kebijakan publik dan pembangunan harus melewati uji etika dan moral, dan tidak boleh hanya berfokus pada keuntungan material atau ekonomi semata.
Dalam pandangan Romo Mangun, pembangunan yang etis adalah pembangunan yang mempertimbangkan dampaknya terhadap manusia dan alam. Ia menentang keras praktik-praktik pembangunan yang menggunakan "tangan besi," di mana penggusuran dilakukan tanpa mempertimbangkan nilai-nilai kemanusiaan dan hak-hak masyarakat yang terdampak. Romo Mangun sering mengkritik kebijakan yang hanya menawarkan ganti untung sebagai solusi, seolah-olah uang bisa menggantikan rasa keadilan dan kehilangan yang dialami masyarakat yang tergusur dari tanah mereka. Menurutnya, persoalan pembangunan jauh lebih kompleks dan harus dihadapi dengan pendekatan yang manusiawi, yang menghargai harkat dan martabat setiap individu yang terdampak. Etika dan spiritualitas, menurut Romo Mangun, harus menjadi bagian dari setiap keputusan yang menyangkut kehidupan orang banyak, terutama mereka yang paling rentan.
Apa yang dihadapi saat ini, menurut Romo Mangun, adalah semakin hilangnya dimensi moral dan etika dalam kebijakan pembangunan. Banyak kebijakan yang dijalankan dengan pendekatan teknokratis yang berfokus pada angka-angka dan keuntungan ekonomi semata, tanpa memperhatikan dampak sosial dan kemanusiaan. Dalam situasi seperti ini, Romo Mangun mengajak kita semua untuk kembali merenungkan pentingnya etika dalam setiap keputusan yang kita buat. Ia percaya bahwa pembangunan yang tidak didasari oleh prinsip moral dan spiritualitas hanya akan menciptakan ketidakadilan dan penderitaan bagi masyarakat kecil. Melalui tindakan dan pemikirannya, Romo Mangun mengajarkan bahwa kita harus selalu mempertimbangkan nilai-nilai kemanusiaan dalam setiap kebijakan publik, karena itulah yang akan menentukan kualitas kehidupan bersama di masa depan.