Ligvoet mendekati Indische Kerk. Ini gereja resmi pemerintah Hindia Belanda.  Yang diberi mandat  oleh  Indische Kerk untuk menginjil di Jawa Bagian Selatan adalah Nederlandsch Gereformeede Zendings Vereniging (NGZV). Gereja Karangjoso bergabung dalam afiliasi ini.  NGZV adalah perkumpulan para utusan dari gereja-gereja Gereformeerd di negeri Belanda. Didirikan pada tanggal 6 Mei 1859 di kota Amsterdam.
Tuduhannya serius. Sadrach dinilai telah melakukan sinkretisme dengan menggabungkan ajaran Kristen dengan Kejawen-nya orang Jawa. Sentimen ras juga dipakai.
Mereka terus  mencari cara guna melumpuhkan pelayanan Sadrach. Suatu saat, Residen menahannya karena menolak vaksin bagi orang-orang yang kena cacar.  Ia ditahan selama tiga minggu. Namun, Gubernur Jenderal membebaskannya karena tidak cukup bukti.
Memang, untuk ukuran pada masa itu, Sadrach kelewat jauh melakukan loncatan. Ia memakai pendekatan budaya dalam menginjil. Ia antara lain menggubah tembang dan doa-doa dari Alkitab ke dalam bahasa Jawa. Sangat tidak lazim saat itu. Bahkan juga saat ini.
Akhirnya berbagai polemik mengenai Sadrach sampai kepada pimpinan NGZV di Belanda. Mereka mengadakan penyelidikan mengenai jemaat-jemaat di Jawa Tengah dengan mengirimkan Lion Cachet, pendeta sebuah jemaat di Rotterdam. Cachet berada di Jawa Tengah selama setahun yakni tahun 1891-1892.
Setahun melakukan investigasi Cachet kembali ke Nederland. Hasilnya jelas: Sadrach telah sesat. Ia sudah mencampur-adukkan ajaran Injil dengan kebijakan-kebijakan dari budaya Jawa. Sesuatu yang terlarang!Â
Palu diketok. Ajaran Sadrach dinilai sesat. Hasil penyelidikan Cachet ini mengakibatkan putusnya hubungan Sadrach dengan NGZV.
Namun peristiwa "phk sepihak" ini justru membuat posisi Sadrach kian kokoh. Ia mencari "induk" lain, menjalin hubungan dengan Apostolische Kerk di Batavia.
Pada tahun 1899, Sadrach ditahbiskan sebagai  Rasul Jawa di Batavia. Kedudukan "rasul"  membuatnya memiliki wewenang memberikan sakramen. Hak yang sangat didambakannya bertahun-tahun. Sejak saat itu Sadrach sejajar dengan pemimpin gereja yang lain.
 Dalam catatan Soetarman, tindakan NGZV  terhadap Sadrach menyebabkan hampir  semua orang Kristen Jawa berpihak kepada Sadrach.  Dari sejumlah 6.374 anggota gereja, hanya 150  yang berpihak kepada  Pekabar Injil dari Belanda. Sisanya tetap mengikuti  Sadrach sebagai guru spiritual.
"Hubungan guru-murid antara Sadrach dan jemaatnya  ternyata lebih kuat daripada yang diperkirakan NGZV," catat Soetarman.
