Pada tahun 1996, Gus Dur dekat dengan Bu Megawati. Gus Dur memberitahu Megawati agar lebih berhati-hati karena Soeharto sedang galak galaknya. Tapi Bu Mega saat itu memang pemberani. Benar saja, pada Juli 1996, Megawati kehilangan kantor dan partainya, kalah dari Soerjadi yang didukung pemerintah. Sejarah inilah yang juga melahirkan PDI Perjuangan seperti yang kita kenal sekarang ini. Dulu namanya hanya PDI saja, dan logonya juga berbeda.
Tahun 1997 merupakan tahun di mana pemilihan umum ke-6 diadakan kembali di Indonesia dan mudah ditebak, bahwa presiden terpilih tidak tidak lain yaitu Soeharto, sedangkan partai politik pemenang juga Golkar lagi.
Tentara saat itu masih di parlemen dan menguasai 100 dari 500 kursi yang tersedia. Saat itu, Pak Harto masih tidak menyangka bahwa tahun depan akan menjadi tahun kejatuhannya dari tahta Negara Kesatuan Republik Indonesia. Tapi sepertinya Gus Dur bisa membaca kondisi zaman, pada November 1997 saat orde baru masih dikawal kekuatan besar, Gus Dur sudah memprediksi, sebentar lagi Soeharto akan turun
ramalan Gus Dur tentang mundurnya Pak Harto juga disampaikan kepada Kiai Bukhori Masruri.Kiai dari Semarang yang juga pencipta lagu hits "Perdamaian"
"Sebelas bulan sebelum Pak Harto jatuh, Saya, Gus Dur, Mustafa Zuhad, Pak Toham, pengurus NU Yogyakarta di kamar kami mengobrol masalah sekjen departemen agama yang begini begini begini. Gus Dur memberitahu kami, sudahlah tidak usah membahas itu. Pak Harto itu sebentar lagi jatuh. Saya heran Bagaimana bisa Pak Harto bisa jatuh padahal waktu itu Pak Harto baru saja diangkat jadi jenderal berbintang lima. Artinya, kekuatan ABRI mendukung Pak Harto. Kekuatan seorang Presiden mesti didukung oleh kekuatan angkatan bersenjata didukung oleh kekuatan politik, didukung oleh pemegang kekuasaan ekonomi, didukung oleh pemegang opini rakyat."
Walaupun punya kisah yang tidak mengenakkan dengan Soeharto, namun Gus Dur lah yang sering menjenguk Soeharto saat hari raya dan saat sakit. Saat Soeharto meninggal, Gus Dur bahkan menjadi satu-satunya mantan presiden yang melayat Soeharto.
"Pak Harto itu orang pintar lho, jasanya bagi bangsa ini besar sekali, walaupun dosanya juga besar."
Semar Dadi Ratu
Setelah Pak Harto mengundurkan diri, Pak Habibi naik menjadi presiden menggantikan Pak Harto. Arus kebebasan berdemokrasi saat itu terasa sekali. Aturan yang dulu hanya tiga parpol yakni PPP, Golkar dan PDI direformasi boleh menjadi banyak. Maka banyak bermunculan partai baru, Amien Rais mendirikan PAN, Megawati memprakarsai PDI Perjuangan dan Gus Dur mempelopori PKB.
Karena ketika itu memang lagi musim pendirian Partai. Banyak warga NU yang ingin menjadikan NU untuk menyalurkan aspirasi politiknya, dan jelas hal itu tidak disetujui oleh Gus Dur. Maka pada 23 Juli 1998, Gus Dur dan para kiai lainnya merasa perlu membuat wadah baru berupa partai kebangkitan bangsa untuk memisahkan antara organisasi politik dan organisasi kemasyarakatan.
Gus Dur sebagai Dewan Penasehat, Matori Abdul Jalil sebagai ketua. Bukan hanya untuk umat Islam atau warga NU tapi siapa saja bisa berpartisipasi. Pada tanggal 10-13 November 1998, Indonesia mengalami fase sejarah yang disebut Sidang Istimewa MPR, ini merupakan sidang istimewa kedua dalam sejarah Indonesia setelah Sidang Istimewa MPRS tahun 1967.
