Gangguan atau penurunan populasi mikroorganisme akibat paparan pupuk kimia berlebihan menyebabkan berkurangnya keragaman hayati dan fungsi ekosistem tanah.
3. Pencemaran Air Tanah. Penggunaan pupuk kimia dalam jumlah besar dapat mencemari air tanah. Ketika hujan turun atau saat penyiraman, pupuk kimia larut dan meresap ke dalam tanah.Â
Zat-zat kimia seperti nitrat dan fosfat dalam pupuk dapat mencapai sumber air tanah, menyebabkan pencemaran air. Kadar nitrat yang tinggi dalam air minum berdampak buruk pada kesehatan manusia, terutama pada bayi dan anak-anak.
4. Kerusakan Ekosistem Perairan. Pupuk kimia yang mencapai sungai, danau, atau laut melalui aliran air permukaan atau sistem drainase dapat menyebabkan eutrofikasi.Â
Eutrofikasi adalah peningkatan nutrisi berlebih dalam ekosistem perairan. Kenaikan kadar nitrogen dan fosfor merangsang pertumbuhan alga yang berlebihan.Â
Pertumbuhan alga berlebihan mengurangi kadar oksigen di air dan menyebabkan "zona mati" di mana organisme lain tidak dapat bertahan hidup.
5. Penggunaan pupuk kimia berkepanjangan atau berlebihan tidak hanya mampu merusak unsur-unsur dalam tanah, tetapi juga merusak bagian-bagian tanaman secara perlahan. Akar menjadi rusak. Menghambat penyerapan zat hara oleh akar.
6. Ketergantungan Jangka Panjang. Penggunaan pupuk kimia yang berlebihan menciptakan ketergantungan jangka panjang pada petani terhadap pupuk tersebut.Â
Tanah yang terlalu bergantung pada pupuk kimia kehilangan kemampuannya mempertahankan kesuburan alami. Selain itu, biaya penggunaan pupuk kimia terus-menerus memberikan beban finansial bagi petani.
7. Membunuh organisme (mikroorganisme tanah).
8. Menurunkan kesuburan tanah, yaitu merusak tanah dan mengganggu keseimbangan unsur hara tanah. Tanah pertanian yang dipaksa oleh pupuk kimia dapat menyebabkan tanah tidak bisa mengikat unsur organik di tanah.
