Pada 1 Agustus 1942 setelah diangkat menjadi Sultan oleh Gunseikan Mayor Jendral Okasaki di Istana Gambir Jakarta. Sultan mendapat perintah dari pemerintah Militer Jepang untuk mengurus pemerintah kesultanan yang diberi nama Koti. Sultan memiliki kesempatan yang lebih aktif dalam menjalankan pemerintahan secara langsung di daerah wilayahnya. Kesempatan ini digunakan Sultan untuk merintis reorganisasi dan restrukturisasi birokrasi pemerintah daerah Yogyakarta. Sri Sultan Hamengkubuwono IX dijiwai oleh pemikiran yang mempertahankan tradisi dan sekaligus pemikiran modern. Oleh karena itu dalam transformasi masyarakat Yogyakarta Sultan menggunakan pemikiran modern untuk menyeleksi tradisi yang perlu dipertahankan, diluruskan maupun dihilangkan.
Â
       Pada awalnya perubahan birokrasi yang dilakukan Sultan dimulai dari dalam keraton yaitu kedudukan "Pepatih Dalem" digeser sebagai kepala pemerintahan umum dan akhirnya Pepatih Dalem diberhentikan pada 1 Agustus 1945. Selanjutnya dalam mengadakan perubahan struktur birokrasi Sultan tidak hanya di pusat kesultanan melainkan juga seluruh wilayah kekuasaanya. Sultan mengusulkan empat lembaga negara dalam struktur birokrasi yaitu pertama Sri Maharaja yang memiliki wewenang tertinggi menurut Undang-Undang Dasar. Sri Maharaja memiliki wewenang membuat peraturan yang telah dimusyawarahkan dengan Balai Perwakilan Negara dan mengesahkan. Memerintah untuk mengundang dan menjalankan peraturan itu. Di samping itu juga berwenang mengundang, membuka, menutup, dan menunda Balai Perwakilan Negara serta membubarkan Balai Rakyat. Kedua. Badan Menteri Negara yang dipimpin oleh perdana menteri mereka diangkat dan membantu Sri Maharaja dalam menjalankan sistem pemerintahan. Ketiga. Balai Pertimbangan Negara yang memiliki tugas memberikan pertimbangan atas segala hal yang penting berkaitan dengan kebutuhan negara. Keempat. Balai Perwakilan Negara yang terdiri dari Balai Mulia dan Balai Rakyat. Lembaga ini memeiliki wewenang mengajukan rencana peraturan, perasaan, keberatan, dan pandangan terhadap peraturan serta hal-hal lainnya. Selain itu mereka juga berwenang dalam menyetujui semua peraturan yang dibuat, mengajukan pertanyaan, meminta keteranagan, memeriksa pemegang keuangan negara serta menerima keberatan-keberatan dari rakyat.
Â
      Sistem birokrasi yang diusulkan oleh Sultan menunjukkan perpaduan antara sistem birokrasi pemerintahan yang didasarkan pada tradisi dan birokrasi modern. Dengan adanya Balai Rakyat maka menunjukkan bahwa suara rakyat mulai diperhitungkan. Meskipun sistem birokrasi pemerintahan yang diusulkan kepada pemerintahan Jepang tidak semuanya diterima, usulan ini menjadi bahan pertimbangan dalam merumuskan undang-undang tata pemerintahan di Jawa. Namun pada akirnya Piagam yang diberikan jepang kepada Sultan yang berisi perintah dan petunjuk untuk mengatur wilayah Yogyakarta mengacu pada usulan Sultan. Dengan demikian pemerintah Jepang memberikan kelonggaran kepada Sultan untuk berperan dalam birokrasi pemerintahan di Yogyakarta. Adapun tujuan Jepang adalah agar rakyat mendukung Sultan untuk berpartisipasi dalam perang Asia Pasifik dan membentuk kesemakmuran bersama di Asia Timur Raya.
Â
      Melihat penderitaan masyarakat akibat penindasan pemerintahan militer Jepang seperti Blokade ekonomi, perampasan barang-barang milik rakyat, pengerahan tenaga paksa atau romusha dengan maksud untuk memenangkan perang Asia Timur. Maka Sultan membina masyarakat yaitu memajukan pendidikan baik untuk anak-anak Abdi dhalem maupun untuk anak-anak kauladalem. Selain itu sultan juga melakukan pendekatan dengan tokoh-tokoh pejuang nasionalis seperti Ki Hajar Dewantara dan Ki Bagus Hadikusumo agar mereka memberikan dukungan kepada Sultan dalam perombakan birokrasi pemerintahan Yogyakarta. Selain dibidang sosial Sultan juga membina dalam bidang ekonomi. Sultan mengadakan pembangunan di bidang kehutanan, pertanian dan industri di wilayah Yogyakarta.
Â
      Penindasan pemerintah militer Jepang terhadap rakyat dapat dihindari oleh Sri Sultan Hamengkubuwono. Sultan membuat angka statistik mengenai jumlah penduduk dan hasil pertanian atau peternakan yang tidak sesuai dengan kenyataan. Bahkan Sultan menekan angka statistik dan berhasil meyakinkan Jepang bahwa daerah Yogya merupakan daerah miskin. Selanjutnya dengan dalih agar wilayahnya dapat memberikan bantuan kepada pemerintah militer Jepang Sultan mengajukan usulan agar diberi bantuan untuk membuat irigasi dan menyuburkan tanah pertanian. Usulan yang diplomatis itu diterima oleh Jepang dan Sultan mendapatkan bantuan dana untuk membuat saluran air di daerah Adikarto yang sekarang dikenal dengan nama "Selokan Mataram". Dengan adanya selokan air itu Yogyakarta berhasil meningkatkan hasil pertanian dan dapat mencegah rakyat Yogya untuk menjadi romusha.
Kesimpulan
Sultan Hamengkubuwono IX berperan penting dalam menjaga kemerdekaan Indonesia melalui manajemen politik strategis dan keterampilan berorganisasi. Upayanya dalam menavigasi lanskap politik, membangun struktur birokrasi baru, dan mendorong pengembangan masyarakat untuk menyoroti komitmennya terhadap kepentingan nasional dan internasional.