Dilain hal terjadi kecemburuan besar dari pihak eksternal yaitu pki karena mereka melihat HmI mampu menghimpun dan menyatukan berbagai sudut pandang pikiran yang berbeda. Julius Pour dalam bukunya, Gerakan 30 September, mengatakan, Ketua CC PKI DN Aidit saat itu bahkan saat itu ikut membuat 'panas' para pemuda CGMI untuk membubarkan HMI. Dalam sebuah pidato di hadapan para aktivis CGMI, Aidit meminta CGMI membubarkan HMI bila pemerintah tidak membubarkan organisasi yang lekat dengan warna hijau hitam itu.
"Kalau pemerintah tidak mau membubarkan HMI, jangan kalian (CGMI) berteriak-teriak menuntut pemerintah pembubaran HMI. Lebih baik kalian bubarkan sendiri," ancam Aidit saat itu.
"Dan kalau kalian tidak mampu (membubarkan HMI), lebih baik kalian jangan memakai celana, tukar dengan kain sarung perempuan," seloroh Aidit dalam buku karya Julius Pour itu
Menjawab tantangan ini, Generasi Muda Islam (GEMUIS) yang terbentuk tahun1964 membentuk Panitia Solidaritas Pembebelaan HMI, yang terdiri dari unsur-unsur pemuda, pelajar, mahasiswa Islam seluruh Indonesia. Bagi umat Islam, HMI merupakan taruhan terakhir yang harus dipertahankan setelah sebelumnya Masyumi dibubarkan. Kalau HMI sampai dibubarkan, maka satu-persatu dari organisasi Islam akan terkena sapu pembubaran.
Ternyata HMI tidak dibubarkan, bahkan dengan tegas Presiden Soekarno mengungkapkan dalam pidatonya: "Pemerintah mempunyai kebijakan untuk memberikan kesempatan seluas-luasnya kepada kehidupan organisasi mahasiswa yang revolusioner. Tapi kalau organisasi mahasiswa yang menyeleweng itu menjadi kontra revolusi umpamanya HMI, aku sendiri yang akan membubarkannya. Demikian pula kalau CGMI menyeleweng menjadi kontra revolusi juga akan kububarkan".
Karena gagal usaha untuk membubarkan HMI, maka PKI sudah siap bermain kekerasan. PKI takut didahului umat Islam untuk merebut kekuasaan dari pemerintahan yang sah, maka meletuslah Pemberontakan G 30 S/PKI 1965.
Tantangan era orde baru dimulai Ketika PKI dibubarkan karena dianggap sebagai organisasi terlarang oleh Soeharto, HmI ikut berpartisipasi aktif dalam pembangunan.konteks ini  tediri atas dalam pembentukan suasana, situasi dan iklim yang memungkinkan dilaksanakannya pembangunan, partisipasi kader hmi  dalam merumuskan konsep-konsep dari beberapa pemikiran serta berpartisipasi secara langsung dalam  pembangunan.
Tetapi dibalik itu semua kebijakan soeharto sudah mulai berbelok arah. dimana kebebasan akademik atau kritik keras terhadap rezim tersebut diawasi secara ketat oleh para penguasa dengan menugaskan bawahannya. Praktik KKN keluarga Cendana menjani tontonan public,control militer yang begitu absolut membuat masyarakat tidak mampu bergerak secara bebas. Kejumudan ini harus dihilangkan dengan semangat pembaharuan islam Tatkala cendikiawan muslim Nurcholis Madjid atau biasa disapa Cak Nur menyampaikan suatu topik tentang Keharusan Pembaharuan Pemikiran Dalam Islam Dan Masalah Integrasi Umat.
Pada fase reformasi ini menjadi suatu titik baru pemulihan demokrasi, bila berkaca pada barat periode ini disebut sebagai abad pencerahan / Auflkarung. Dimana Mimbar akademis Kembali dihidupkan,forum-forum diskusi mahasiswa mulai terdengar,militerisasi sudah mulai tumpul, dan yang terpenting adalah senjata bukan bukan sarana solusi untuk meredahkan konflik horizontal.
Degradasi perilaku kader HmI
Persoalan diabad ke-21 ini adalah dimana anak kandung modernisme mulai melahirkan watak Borjuis, feodalis,otoriter dan hal yang bersifat instan. Apalagi hedonism menjadi jubah dan budaya baru bagi kaum milienial, terlebih khusus kepada kader HmI. pasca Reformasi tokoh-tokoh pergerakan dan intelektual HmI mulai menikmati jabatan-jabatan strategis. Ada yang mengisi di sektor Legislatif, Eksekutif maupun Yudikatif. Pengkultusan jabatan serta penuhanan terhadap uang menjadikan kader HmI cenderung berfikir pragmatisme. Dalam wacana tertentu pola kaderisasi sudah mulai dipolitisir dengan untuk kepentingan senior-senior untuk mendapatkan elektabilitas suara.
