PKI bangkit lagi setelah pemerintah  Indonesia pada bulan Oktober 1945 mengumumkan pemberlakuan sistem multipartai. Setelah kebijakan ini, berdirilah sejumlah partai politik dengan beragam ideologinya.
Feith dan Castles (1988) menyebutkan bahwa secara garis besar ada lima aliran dalam pemikiran politik di Indonesia sepanjang tahun 1945-1965 yaitu Islamisme, Komunisme, Nasionalisme Radikal, Sosialisme Demokrat, dan Tradisionalisme Jawa. Komunisme di bawah PKI menjadi kekuatan politik utama di Indonesia sampai dua decade kemerdekan. PKI muncul sebagai partai baru pada 7 November 1945 di bawah pimpinan Mohamad Jusup.
Pada 11 Agustus 1948 Kepala Perwakilan RI di Praha-Chekoslovakia Suripno kembali ke Indonesia. Ia membawa serta sekretarisnya yang bernama Soeparto alias Muso, seorang tokoh komunis yang melarikan diri ke Uni Soviet setalah kegagalan pemberontakan komunis di Banten, Jawa Barat (1926). Selama di pengasingan, Muso menjadi salah satu tokoh komunisme internasional yang berpusat di Uni Soviet. Posisinya inilah yang membuatnya dapat mempengaruhi pimpinan PKI agar menerapkan garis keras dalam perjuangannya.
Dalam konferensi PKI pada 26-27 Agustus 1948 Muso diangkat sebagai Sekjen Politbiro PKI. Di bawah kepemimpinnya jumlah anggota PKI segera membesar dari 3000 menjadi 30.000.
PKI berkoalisis dengan Partai Sosialis Indonesia (PSI), Pemuda Sosialis Indonesia (Pesindo), Sentral Organisasi Buruh Seluruh Indonesia (SOBSI), dan Partai Buruh Indonesia (PBI) melakukan penentangan secara terbuka terhadap pemerintah Republik Indonesia. Gerakan mereka terkonsentrasi di Madiun dan Surakarta. Puncaknya adalah pendirian negara komunis Republik Soviet Indonesia, suatu baru yang memisahkan diri dari Republik Indonesia. Namun pemerintah RI di bawah kepemimpinan Presiden Soekarno dan Wakil Presiden Mohammad Hatta berhasil menggagalkannya.
Peristiwa Madiun menyebabkan terjadinya percepatan regenerasi kepemimpinan PKI kepada D.N. Aidit, Nyoto, Sudisman dan Sudisman. Di bawah kepemimpinan D.N. Aidit, PKI berhasil menjadi partai terbesar keempat dalam Pemilu 1955. Perolehan suaranya berada di bawah PNI, Masyumi, dan Partai NU.
Pengaruh PKI di Indonesia semakin menguat setelah Presiden Soekarno mengeluarkan Dekrit Presiden pada 5 Juli 1959 dan menjalankan politik luar negeri yang agresif dalam menentang Nekolim (Neokolonialisme dan imperialisme) sepanjang awal tahun 1960-an.
Dalam kebijakannya, Soekarno sangat berharap dukungan rakyat maupun jaringan internasional antokolonialisme. Di sini kemudin PKI memanfaatkan peluang politik untuk merebut simpati Sukarno.
TNI Angkatan Darat dan kelompok Islam menjadi penghalang utama PKI untuk memperbesar pengaruhnya di Indonesia. Kedua kelompok ini mewaspadai setiap gerakan komunisme yang dalam sejarah Indonesia telah berulang kali melakukan upaya makar terhadap pemerintah (1926-1927 dan 1948).
KAP-Gestapu
      Pada 30 September 1965 terjadi percobaan kudeta yang dilakukan oleh PKI terhadap pemerintahan Republik Indonesia. PKI menculik dan membunuh 6 orang Jenderal dan seorang Perwira Tentara Nasional Indonesia Angkatan Darat (TNI AD). TNI AD pada masa itu merupakan kekuatan yang mewaspadai gerakan PKI.
