Perkembangan dan pembentukan wilayah tidak sampai disini saja, perubahan- perubahan lain semakin banyak terjadi seperti isu pemekaran Kabupaten Toba Samosir menjadi 2(dua) kabupaten. Isu ini berkembang seiring dengan situasi dan kondisi sosial, ekonomi dan politik pada saat itu. Aspirasi masyarakat menginginkan Kabupaten Toba Samosir dimekarkan menjadi Kabupaten Toba Samosir dan Kabupaten Samosir (yaitu meliputi seluruh kecamatan yang ada Di Pulau Samosir dan sebagian pinggiran Danau Toba di Daratan Pulau Sumatera) dengan tujuan untuk mempercepat pembangunan guna mengejar ketertinggalan dari daerah lain.
Hasil aspirasi yang berkembang dimasyarakat saat itu, tidak menunggu waktu yang begitu lama dan pada tahun 2003 Kabupaten Toba Samosir dimekarkan menjadi 2 (dua) kabupaten yaitu : Kabupaten Toba Samosir dan Kabupaten Samosir yang ditetapkan dengan Undang – Undang Nomor 36 Tahun 2003 Tentang Pembentukan Kabupaten Samosir dan Kabupaten Serdang Bedagai Di Provinsi Sumatera Utara. Kabupaten Samosir selanjutnya diresmikan pada tanggal 7 Januari 2004 di Kantor Departemen Dalam Negeri Di Jakarta.
Sejak peresmian tersebut, wilayah Kabupaten Toba Samosir berkurang karena seluruh wilayah kecamatan yang ada Di Pulau Samosir berkurang karena seluruh wilayah kecamatan yang ada Di Pulau Samosir dan sekitarnya sebagaimana diatur dalam Undang-Undang Nomor 36 Tahun 2003 tersebut masuk menjadi wilayah Kabupaten Samosir. Dengan kata lain, Kabupaten Toba Samosir mengalami perubahan baik jumlah kecamatan, desa, kelurahan, jumlah penduduk, luas wilayah dan batas-batas wilayah. Dengan demikian, secara administrasi wilayah Kabupaten Toba Samosir mempunyai batas-batas sebagai berikut :
Sebelah Utara       : Kabupaten Simalungun
Sebelah Timur       : Kabupaten Asahan dan Kabupaten Labuhan Batu
Sebelah Selatan      : Kabupaten Tapanuli Utara
Sebelah Barat       : Kabupaten Samosir
Banyak alasan yang mempengaruhi terjadinya pemekaran wilayah kecamatan Di Kabupaten Toba Samosir, antara lain : kondisi luas wilayah, jarak ke ibukotakabupaten, letak geografis dikaitkan juga dengan kondisi ketertinggalan dan roeongan keinginan serta tntutan masyarakat itu sendiri. Kemudian pemekaran wilayah selanjutnya terjadi pada Kecamatan Silaen dengan pembentukan Kecamatan Sigumpar berdasarkan Peraturan Daerah Nomor 6 Tahun 2004.
Pada tahun 2004 dilaksanakan Pemilihan Umum Legislatif yang menetapkan 25 (dua puluh lima) Anggota DPRD Kabupaten Toba Samosir. DPRD kemudian memilih pimpinan masa bakti 2004-2009 dan menetapkan Tumpal Sitorus sebagai Ketua, Ir. Firman Pasaribu dan Bachtiar Tampubolon, MBA masing-masing sebagai Wakil Ketua.
Pada tanggal 27 Juni 2005 KPUD Kabupaten Toba Samosir untuk pertama kalinya menyelenggarakan Pemilihan Kepala Daerah secara langsung sesuai amanah Undang-undang Nomor 32 Tahun 2004 dan untuk kelancaran pelaksanaan tugas-tugas pemerintahan Di Kabupaten Toba Samosir sebelum terpilihnya kepala daerah, melalui keputusan Menteri Dalam Negeri Nomor 131.22-463 Tahun 2005 mengangkat Drs. Mangasi Lumbanraja sebagai Penjabat Bupati Toba Samosir yang pelantikannya dilaksanakan pada tanggal 7 Juli 2005.
Dari hasil pemungutan suara yang dilaksanakan tahun 2005 yang memperoleh suara terbanyak adalah Drs. Monang Sitorus, SH, MBA dan Ir. Mindo Tua Siagian, MSc sebagai Bupati dan Wakil Bupati terpilih Kabupaten Toba Samosir masa bakti 2005-2010. Pelantikan dilaksakan oleh Gubernur Sumatera Utara Tengku Rizal Nurdin pada tanggal 12 Agustus 2005 Di Gedung DPRD Kabupaten Toba Samosir. Dimana Sekretaris Daerah pada waktu itu adalah Drs. Tonggo M Napitupulu, M.Si dan pada akhir tahun 2005 digantikan oleh Liberty Pasaribu SH, M.Si.
