Bagian tiga dalam buku ini menjekaskan apa yang di maksud dengan filsafat. Filsafat itu terambil dari bahasa yunani yang masuk dan digunakan sebagai bahasa arab(falsafah), yaitu berasal dari kata Philoshopia. Philo berarti cinta dan sophia berarti hikmah, dapat diartikan Philoshopia cinta akan hikmah atau kebenaran. Filsafat juga bisa diartikan dengan ingin mengerti dengan mendalam atau cinta akan kebijaksanaan.
Sedangkan objek dari filsafat  di bagi menjadi dua yaitu :
- Objek materia : segala sesuatu yang ada dalam kenyataan, pikiran dan ada yang dalam kemungkinan
- Objek forma : mencari keterangan tentang hakikat dari segala sesuatu yang ada.
Karakteristik filsafat mencakup berikut :
- Menyeluruh    :  bisa ditinjau dari segala aspek
- Mendasar      : basic
-  Spekulatif      :  pemikirannya berkembang menuju pemikiran selanjutnya yang    berkembang dari pemikiran dasar.
- Bersifat komprehensif
- Berfikir secara rasional
Bagian keempat dalam buku ini menjelaskan tentang agama. Di dalam buku ini banyak mencantumkan pendapat tentang agama, ada satu pendapat dari Fachroeddin Al-Kahiri yang mengatakan bahwasanya agama ialah kata majmu' dari bahasa sangsekerta, yang terdiri dari A, yang bermakna tidak, sedangkan gama artinya kocar-kacir dan  berantakan. Lebih jelas lagi kata agama itu ialah teratur . jadi devinisi agama adalah satu peraturan yang mengatur keadaan manusia maupun mengenai sesuatu yang ghaib atau budi perkerti dll.
Bagian kelima adalah nisbah antara ilmu, filsafat, dan agama. Di dalam buku ini penulis menjelaskan pula dimana titi persamaan, titik perbedaan dan titik singgung yang mencakup tiga hal tersebut. Titik persamaanya ialah sama-sama bertujuan mencari sebuah kebenaran dengan caranya masing-masing.
Titik perbedaan, ilmu pengetahuan mencari kebenaran dengan jalan penyelidikan, pengalaman, dan percobaan. Filsafat menghampiri kebenaran dengan cara meluangkan akal-budi secara radikal dan integral serta universal yang terikat dengan logika. Agama dengan mempertanyakan pelbagai masalah asasi dari atau kepada kitab suci, dan firman ilahi untuk manusia di atas bumi.
Bagi seorang natural scientist (sarjana ilmu pengetahuan alam), al Qur'an merupakan buku tentang alam. Bagi seorang social dan cultural scientist (sarjana ilmu pengetahuan dan budaya), al-Qur'an ini merupakan buku tentang manusia. Bagi seorang teolog (sarjana studi ketuhanan), al-Qur'an merupakan buku tentang tuhan dan ketuhanan. Bagi seorang filsuf (ahli filsafat), al-Qur'an merupakan buku mengenai pelbagai masalah asasi yang menjadi bahan perbincangan filsafat dari masa ke masa.
Agama (al-Qur'an) memberikan sebuah motivasi pengarahan dan tujuan kepada ilmu (dan agama).
