Menurut pemikiran Ibn Bajjah, segala sesuatu yang ada itu dibagi menjadi dua, yakni yang bergerak dan tidak bergerak. Menurutnya, segala hal yang bergerak itu disebut dengan materi (Jisim) yang bersifat terbatas dan terjadi karena perbuatan dari sang penggerak terhadap yang digerakkan. Sang penggerak tersebut berbeda dengan materi (Jisim) karena penggerak memiliki sifat azali. 'Aql sendiri diungkapkan Ibn Bajjah sebagai gerak materi yang terbatas berasal dari gerakan yang tidak terbatas. Dengan kata lain Â
materi yang terbatas tersebut disebut dengan alam yang digerakkan oleh 'Aql, sedangkan 'Aql sendiri tidak bergerak 'Aql inilah yang disebut dengan Allah SWT. Tuhan yang menggerakkan keseluruhan alam semesta. Ibn Bajjah berangkat atau mendasarkan pemikiran filsafat metasikanya melalui konsep fisika yang digunakan oleh Aristoteles namun tetap kembali kepada ajaran Islam. Ibn Bajjah berpendapat bahwa Allah SWT. adalah azali dan gerakannya bersifat tidak terbatas, Allah bukan hanya sebagai penggerak tetapi juga pencipta dan pengatur alam semesta ini.
Â
Konsep an-Nafs (Jiwa)
 Ibn Bajjah mengungkapkan bahwa manusia memiliki satu jiwa yang menggerakkan manusia dan tidak akan mengalami perubahan sama halnya dengan jasmani, lalu jiwa tersebut juga digerakkan oleh jasmani dan rohani seperti kaki, tangan, naluri, atau pun insting. Menurutnya, setelah mati jiwa akan kekal di akhirat dan menerima pembalasan pertanggung jawaban baik di surga maupun di neraka. Ibn Bajjah mendasarkan konsep pemikiran jiwa pada filsafat al-Farabi dan Ibn Sina. Ibn Bajjah berpendapat bahwa psikologi memiliki peran yang penting dan mulia untuk sampai pada ilmu lain terutama ilmu mengenai ma'rifatullah (mengenal Allah Swt.) karena menurutnya seseorang tidak akan mengenal atau mengerti prinsip-prinsip ilmu jika ia tidak mengenal jiwa atau hakikatnya sendiri.Â
Menurut Ibn Bajjah jiwa adalah kesempurnaan paling utama bagi tubuh yang bersifat alamiah dan mekanistik karena jiwa memiliki beberapa daya, yaitu berupa : Pertama, daya nutrisi atau penyuplai makanan karena semua organ yang bernafas terkandung kekuatan yang akan membentuk fisik baru dan berasal dari makanan guna mengganti sel-sel tubuh yang rusak, daya nutrisi ini pun dibantu oleh dua daya lainnya seperti daya penumbuh dan daya generatif. Kedua, daya indra yang didefinisikan sebagai penerimaan perseptor terhadap gambaran objek indrawi yang dipersepsikan dengan cara bebas dari materi dan memiliki beberapa tingkatan yaitu indera, khayalan, dan logika sebagai tingkatan yang tertinggi. Ketiga, daya khayalan yang akan menangkap jejak-jejak hilangnya objek inderawi yang ada di dalam indera kolektif. Keempat, daya memori yang disebutkan dalam bukunya yang berjudul Tadbir al-Mutawahhid mengenai gambar Ruhaniyyah, menurutnya daya memori hanya ada pada diri manusia sebab memori terjadi hanya dengan maksud dan keinginan, serta hanya dapat dilakukan oleh daya khayalan .
Kelima, daya rasional yang tidak selalu bersifat aktual, tetapi terkadang juga bersifat potensial, daya rasional dapat melakukan penalaran dengan Basirah-nya terhadap objek khayalan sehingga dapat menangkap makna-makna yang umum atau rasional dengan bantuan iluminasi akal aktif. Terakhir, daya hasrat yang menggerakkan manusia dan hewan terhadap segala sesuatu yang mereka sukai dan yang tidak mereka sukai, penggerak jiwa hasrat sendiri terbagi menjadi 2 jenis dan aksi yang berlawanan : pertama yaitu mahabbah yang merupakan sumber usaha dan pencarian misalnya daya syahwat seperti makan dan minum; dan yang kedua ialah Karahiyah yaitu ketidaksukaan atau kebencian yang menjadi dasar pelarian atau meninggalkan seperti jenuh dan ketakutan.
Â
Akal dan Pengetahuan
 Akal berada dalam posisi yang paling penting dalam mengetahui segala sesuatu. Menurut Ibn Bajjah akal dibagi menjadi 2, yaitu akal teoritis dan akal praktis. Akal teoritis sendiri ialah akal yang diperoleh melalui pemahaman terhadap sesuatu yang konkret maupun yang abstrak, sedangkan akal praktis sendiri itu didapatkan dari eksperimen atau diuji sehingga ditemukanlah ilmu pengetahuan. Menurutnya, manusia hanya dapat mencapai puncak pengetahuan dengan menggunakan akal setelah manusia menjauh dari segala sifat keburukan masyarakat, saat itulah manusia dapat bersatu dengan akal aktif dan berada dalam tahap mencapai puncak pengetahuan, bukannya dengan melalui jalan sufi.
Â