Di Batavia Lafran bekerja di kantor pemerintahan Belanda, dia menjadi tokoh Indonesia yang mempunyai karir pekerjaan yang bagus diantara pekerja Indonesia. Suatu saat Jepang datang ke Indonesia melalui jalur laut atau udara.Â
Ketika Jepang datang ke Indonesia Belanda pun terusir oleh Jepang. Seolah kedatangan jepang membawa angin segar, tetapi itu salah, Jepang datang ke Indonesia untuk menguasai dan memeras kekayaan untuk bekal persiapan perang dunia ke-2.
Singkat cerita Indonesia terjajah kembali oleh negara Jepang. Banyak tawaran yang di lakukan oleh Jepang untuk mempersiapkan perang dunia ke-2. Mulai dari pembentukan Hehiho, Putera, Keybondan, Saynendan dll.Â
Perekrutan rakyat pun untuk menjadi bagian dari barisan jepang pun tak terhindarkan. Kedatangan Jepang lebih kejam dan sangat mesengsarakan. Banyak rakyat yang jatuh miskin, bangkrut bahkan banyak yang mati karena disiksa.
Bahkan Lafran Pane pernah tervonis Hukuman mati karena terduga memberikan perlawanan kepada Jepang dengan melalui pemikirannya. Akan tetapi Jepang membebaskan Lafran asalkan Lafran harus pergi dari pulau sumatra. Kesempatan itu tidak disia-siakan oleh Lafran Pane, dan Pergilah lafran ke jawa lagi.
Ketika perang dunia ke-2 terjadi jepang kalah dan menyerah kepada sekutu. Mendengar kabar bahwa jepang kalah dengan sekutu. Akhirnya bangsa Indonesia memanfaatkan keadaan untuk memproklamasikan kemerdekaan tepat pada tanggal 17 Agustus 1945. Lafran Pane adalah salah satu barisan dari generasai muda yang ikut andil dalam peristiwa proklamasi.
Indonesia merdeka dan menjadi negara transisi dari masa penjajahan dan masa kemerdekaan. Yang mana sangat dibutuhkan sosok yang berfigur kharismatik.Â
Maka Bung Karno dan Bung Hatta lah yang pantas memegang amanah tersebut, sosok yang sudah tidak asing lagi bagi Lafran Pane. Seteah Indonesia merdeka mulailah berdiri kampus perguruan tinggi di negeri ini.
Lafran pane menjadi bagian dari salah satu mahasiswa perguruan tinggi Sekolah tinggi Islam, dari situlah pemikiran Lafran Pane dimulai untuk melancarkan arah dan pemikiran perjuangannya.Â
Maka dibentuklah organisasi mahasiswa islam yaitu HMI singkatan dari himpunan mahasiswa islam. Walaupun banyak penentang dengan berdirinya HMI mulai dari PMY GPII ataupun organisasi islam lainnya.
Pasang surut proses berdirinya HMI Lafran Pane lakukan dengan tabah, terbukti beberapa kali Lafran harus melakukan pengorban kecil ataupun besar. Gerilya pemikiran dan sosialisasi selalu terus di gaungkan dalam lingkup mahasiswa. Tidak sedikit penolakan dan tuduhan kontra revolusi kepada lafran pane dan organisasinya.