Habibie adalah Presiden ketiga Republik Indonesia, memerintah dari 21 Mei 1998 hingga 20 Oktober 1999. Dia dikenal sebagai pemimpin cerdas dan berani, dihargai bahkan oleh Presiden Soeharto atas kemampuannya dalam mengembangkan teknologi pesawat terbang. Dalam bukunya, Habibie menekankan keinginannya untuk mengubah pemerintahan yang otoriter dan feodal menjadi lebih demokratis dan transparan dalam waktu singkat. Dia juga menentang ide merangkap jabatan Presiden dan Wakil Presiden dengan koordinator harian keluarga Golkar, yang dianggapnya tidak sehat bagi pimpinan nasional dan kualitas reformasi. Sebagai gantinya, dia memulai reformasi Golkar menjadi partai politik terpisah, mengutamakan kepentingan rakyat daripada kepentingan pribadi, keluarga, atau golongan.
Langkah-langkah awal yang diambil oleh Presiden ketiga Republik Indonesia selama masa reformasi melibatkan pembentukan kabinet yang mencakup wakil dari fraksi- fraksi di DPR dan MPR, yang dipilih secara proporsional oleh fraksi masing-masing. Tujuannya adalah untuk memastikan bahwa kabinet bekerja sebagai satu tim yang profesional dan memiliki semangat patriotis. Selain itu, Habibie berusaha menjadikan lembaga-lembaga tinggi negara sebagai institusi yang profesional, objektif, kuat, dan mandiri.
Meskipun anggota DPR dan MPR telah terpilih belum lama, Habibie menyatakan bahwa pemilihan umum harus segera diadakan untuk memberikan legitimasi yang
lebih kuat kepada kedua lembaga tersebut. Beliau berpandangan bahwa semua pihak harus diberikan kesempatan untuk berpartisipasi.
Selain keputusan terkait reformasi internal, Habibie juga membuat keputusan besar dengan melepaskan Timor-Timor dari Indonesia. Setelah konflik yang berlangsung lama antara kedua belah pihak, Habibie mengadakan rapat politik dan mengusulkan pemisahan Timor-Timor secara damai melalui sidang umum MPR. Pada akhirnya, Indonesia memutuskan untuk melepaskan Timor-Timor jika mereka menolak tawaran otonomi khusus yang sangat luas. Ini menunjukkan bahwa Habibie adalah seorang pemimpin yang berani mengambil keputusan cepat, memahami kendala dan risiko yang terlibat
