Namun hal ini tidak benar-benar terimplementasi dengan baik, terutama didalam pemahaman para stakeholders dan masyarakat di daerah. Berbagai macam kendala dan rintangan masih sering ditemui di dalam kegiatan penegasan batas daerah, mulai dari sumber daya manusia hingga aspek perpolitikan daerah. Sehubungan dengan hal tersebut, berikut akan dijabarkan beberapa aspek utama yang sering menjadi kendala dan masalah dalam kegiatan penegasan batas daerah, antara lain:
1. Aspek Sumber Daya Manusia
Penegasan batas wilayah sangat erat kaitannya dengan kegiatan teknis pemetaan. Karena untuk menentukan batas wilayah suatu daerah, akan dibutuhkan gambaran luas wilayah, koordinat serta garis batas wilayah yang penentuannya dilakukan dengan metode kartometrik atau survei lapangan, dan hasillnya nanti dituangkan akan kedalam bentuk Peta.
Seperti amanat Permendagri Nomor 141 Tahun 2017 tentang Penegasan Batas Daerah, pada Pasal 4 ayat 1, menjelaskan bahwa penegasan batas daerah di darat dilakukan melalui tahapan penyiapan dokumen, pelacakan batas, pengukuran dan penentuan posisi batas dan pembuatan peta batas. Kemudian pada Pasal 4 ayat 3 Permendagri tersebut, menyebutkan bahwa tahapan penegasan batas daerah dilakukan dengan prinsip geodesi, atau bisa dikatakan berdasarkan prinsip ilmu pemetaan bumi.
Hal ini seringkali menjadi alasan utama dari Pemerintah Kabupaten/Kota ketika melaksanakan kegiatan penegasan batas. Banyak kegiatan penegasan batas wilayah yang tertunda dan bermasalahan karena para aparatur Bagian Pemerintahan belum memahami terkait kegiatan teknis pemetaan.
Meskipun pada Permendagri Nomor 141 Tahun 2017 tentang Penegasan Batas Daerah, telah diamanatkan untuk membentuk Tim Penegasan Batas Daerah (TPBD) Kabupaten/Kota yang terdiri dari beberapa OPD tekhnis, yang juga berfungsi untuk membantu Bagian Pemerintahan dalam hal teknis pemetaan, namun itu tidak serta-merta mengatasi permasalahan teknis pemetaan batas wilayah.
Kenapa? Karena efek negatifnya, Bagian Pemerintahan Kabupaten/Kota akan sangat bergantung kepada OPD lainnya, dan tentu saja hal ini tidak baik untuk pencapaian kinerja bagian pemerintahan khususnya pelaksanaan kegiatan batas daerah.
Selain itu, TPBD di Kabupaten/Kota yang terdiri dari beragam OPD tekhnis di daerah, seperti Bappeda, Dinas Kehutanan dan Badan Pertanahan Nasional yang notabene juga memiliki tupoksi dan agenda dari instansi mereka masing-masing, lebih memilih untuk menyelesaikan pekerjaan mereka dahulu, baru membantu kegiatan penegasan batas.
Hal ini menyebabkan, sering tertundanya hasil kegiatan penegasan batas dilapangan, karena Bagian Pemerintahan harus menunggu hasil verifikasi kegiatan penegasan batas dari instansi teknis anggota TPBD.
Selanjutnya, berdasarkan data laporan Bagian Pemerintahan Kabupaten/Kota  pada tahun 2019, menunjukan hanya 10 dari 19 Kabupaten/Kota yang mempunyai Tim penegasan Batas Daerah, dan 9 (sembilan) daerah lainnya belum membentuk Tim Penegasan Batas Daerahnya. Hal ini tentu sedikit banyak akan berdampak pada lambatnya progres penyelesaian penegasan batas daerah di Kabupaten/Kota, karena memang di bagian pemerintahan Kabupaten/Kota tidak ada aparatur yang memiliki kompetensi di bidang teknis pemetaan.
