Dirilis pada tahun 1998 dan diarahkan oleh Pak Iizuka, Sonic Adventure merupakan salah satu video game generasi keenam yang pertama. Pemain dapat bermain sebagai salah satu karakter berikut: Sonic, Tails, Knuckles, Amy Rose, Big the Cat, dan E-102 Gamma dalam misi untuk mengumpulkan Chaos Emeralds dan menghentikan Dr. Eggman dari melepaskan Chaos.
Pada tahun 1999, Pak Iizuka dan 11 anggota Sonic Team lainnya pindah ke San Francisco, California dan mendirikan Sonic Team USA untuk mengembangkan Sonic Adventure 2 yang lebih terorientasi aksi. Di game yang dirilis pada tahun 2001 ini, Sonic, Tails, dan Knuckles berusaha menyelamatkan dunia dari Shadow the Hedgehog, Dr. Eggman, dan Rouge the Bat. Ini adalah game Sonic terakhir untuk konsol Sega sebelum perusahaan tersebut men-discontinue Dreamcast dan bertransisi menjadi pengembang pihak ketiga.
Sementara kedua game Sonic Adventure diterima dengan baik dan sama-sama menjual lebih dari 2 juta eksemplar, minat konsumen terhadap Dreamcast memudar dengan cepat, dan upaya Sega untuk memacu penjualan melalui harga yang lebih rendah dan potongan tunai menyebabkan kerugian finansial yang semakin besar.
Setelah itu, Sonic Team USA mengembangkan game Sonic pertama yang multi-platform, yaitu Sonic Heroes, yang dirilis untuk Nintendo GameCube, Microsoft Xbox, dan Sony PlayStation 2.
Sementara itu Sega masih terus merilis game Sonic secara 2D untuk platform handheld. Pada tahun 1999, mereka berkolaborasi dengan SNK untuk memproduksi Sonic the Hedgehog Pocket Adventure, adaptasi Sonic 2 untuk SNK Neo Geo Pocket Color.
Beberapa staf SNK membentuk Dimps tahun berikutnya, dan mengembangkan game Sonic original 2D, yaitu trilogi Sonic Advance untuk Nintendo Game Boy Advance. Sonic Advance adalah game Sonic original pertama yang dirilis untuk konsol Nintendo setelah persaingan ganas antara Sega dan Nintendo di tahun 1990-an. Sonic Advance dirilis pada tahun 2001. Pemain dapat bermain sebagai Sonic, Tails, Knuckles, atau Amy.
Sonic Advance 2 dirilis tahun 2002, dan di sini pemain dapat memilih apakah ingin bermain sebagai Sonic, Tails, Knuckles, atau Cream the Rabbit, karakter baru yang imut yang diperkenalkan di game ini.
Dua tahun kemudian, tahun 2004, yang merupakan tahun kelahiran adik saya, Sonic Advance 3 dirilis untuk Nintendo Game Boy Advance pula. Pemain dapat memilih bermain sebagai Sonic, Tails, Knuckles, Cream, atau Amy, dalam tugas mereka untuk mencegah Dr. Eggman dan asisten robotnya, Gemerl, dari membangun kekaisaran dari tujuh bagian bumi.
Ketiga game Sonic Advance ini di-outsource ke Dimps karena Sonic Team kekurangan staf dengan karyawan yang familiar dengan GBA. Dimps juga mengembangkan Sonic Rush untuk Nintendo DS pada tahun 2005. Saya pernah memainkan Sonic Rush ketika masih bermain DS, sebuah platform yang menggunakan stylus dan berlayar dua. Sonic Rush menggunakan perspektif 2,5D. Game ini memperkenalkan karakter baru, yakni Blaze the Cat. Ini adalah game Sonic terakhir yang diproduseri oleh Pak Yuji Naka sebelum beliau keluar dari Sega.
Sayangnya antara 2005-2010, waralaba Sonic mengalami kemunduran. Saat itu Sonic Team USA berganti nama menjadi Sega Studios USA setelah menyelesaikan Sonic Heroes. Kepemimpinan Sega dan Team Sonic memasuki perubahan ketika mereka bereksperimen dengan menyimpang dari formula Sonic klasik.Â
Proyek Sega Studios USA pasca-Sonic Heroes adalah Shadow the Hedgehog, dirilis pada tahun 2005 untuk GameCube, PlayStation 2, dan Xbox. Game ini ditujukan untuk audiens dewasa dan memperkenalkan mode third-person shooting dan gameplay non-linier. Shadow the Hedgehog disorot karena kontrolnya, desain levelnya, dan tema dewasanya, tetapi sukses secara komersial dan menjual setidaknya 1,59 juta eksemplar.
