Selama perang terus berlangsung, Jin memanfaatkan Alisa Bosconovitch, seorang android perempuan untuk menjadi bodyguard-nya, untuk memata-matai pemimpin lapangan Tekken Force, Lars Alexandersson asal Swedia. Lars adalah pemimpin laskar pemberontak Yggdrasil yang memisahkan diri dari Tekken Force.
Pada akhirnya, Jin dikonfrontasi Lars. Jin menjelaskan pada Lars bahwa seorang iblis kuno, Azazel, yang terkunci di gurun, telah berkomunikasi dengannya dan memberitahunya bahwa dunia harus diisi dengan energi negatif agar Azazel dapat mencapai bentuk fisik prima. Selama menjelaskan hal tersebut kepada Lars, Jin mengalahkan Azazel. Azazel hanya dapat dikalahkan oleh seseorang yang memiliki Gen Iblis di tubuhnya. Orang itu adalah Jin. Jin mengalahkan Azazel dengan satu pukulan di dadanya, namun dia jatuh pingsan. Dia ditemukan oleh Raven di gurun dalam kondisi tak sadarkan diri dan masih memiliki tato iblis di lengannya.
Di Tekken 6 untuk pertama kalinya Jin menjadi tokoh antagonis utama, dan tokoh protagonis jatuh kepada Lars Alexandersson. Jin menjadi final boss di Tekken 6, dan sangat kuat.
Sementara itu, tubuh Jin ditemukan oleh PBB dan ditahan. Jin terbangun di helikopter PBB dalam kondisi terbungkus jaket pengekang dan menghancurkan helikopter tersebut dengan laser iblis dari matanya. Dalam keadaan lemah, Jin berjalan tak tentu arah melewati badai pasir di luas gurun Arab. Ketika pasukan penjaga perdamaian PBB melacaknya, mata Jin bersinar merah dan dia melepaskan sinar iblis ke arah langit yang menciptakan gelombang kejut yang membuat para prajurit menjauh. Ketika tiba di sebuah pasar sambil memegangi lengan kanannya, Lars datang untuk menyelamatkan Jin dan menjauh dari tentara PBB yang mengejarnya.
Beruntungnya ada sebuah fasilitas medis yang berbaik hati mau merawat dan menyembuhkan Jin, yang dimiliki oleh Violet Systems, untuk memulihkannya dari keadaan koma. Namun, Nina Williams, si pembunuh bayaran dan ibu kandung petinju Steve Fox, yang kini bekerja untuk Heihachi, menyusup ke fasilitas untuk menyembuhkan Jin dan mengembalikannya ke Mishima Zaibatsu. Rencana tersebut digagalkan oleh Lee Chaolan. Lee membawa Jin terbang menuju keamanan dan meledakkan fasilitas tersebut dari jauh secara diam-diam.
Setelah terbangun dari koma, Jin menghampiri Lars, Lee, dan Alisa di rooftop sebuah bangunan. Ternyata Kazuya berhasil membunuh Heihachi dan Jin sepakat dengan mereka untuk menghalau Kazuya, yang masih melanjutkan perang meskipun dia menang. Kini Jin adalah satu-satunya orang yang dapat menghentikan sang ayah karena darah iblis yang mengalir dalam tubuhnya. Dia pun bersiap menghancurkan Kazuya dan mengakhiri garis keturunan Mishima yang terkutuk untuk selamanya.
Jin kini tegas ingin membunuh Kazuya guna mengakhiri kekacauan dari garis keturunan mereka karena sang ayah terus mengakibatkan kekacauan di dunia. Jika Tekken 8 menjadi akhir dari saga Mishima, kemungkinan besar ini akan menjadi game terakhir dalam serial Tekken karena dunia akan kembali aman dan damai dengan matinya Kazuya di tangan Jin. Happy ending? Aamiin.
