Kisah Yoshimitsu berlanjut hingga ke Tekken 3. Suatu hari, Dr. B jatuh sakit dan sekarat. Mengetahui Dr. B butuh darah Ogre untuk bertahan hidup, dia memasuki turnamen King of Iron Fist 3.
Penampilan Yoshimitsu di Tekken 3 adalah yang paling ikonik, bertopeng seperti tengkorak dan menggunakan pedang yang dapat menyala hijau.
Sebagai kepala Partai Manji, Yoshimitsu mendedikasikan dirinya untuk menyediakan makanan, pertolongan medis, dan tempat tinggal untuk pengungsi politik di seluruh dunia yang jumlah semakin meningkat. Sayangnya, dengan kekurangan dana dan tenaga kerja, Yoshimitsu tidak yakin dengan masa depan organisasinya.
Suatu hari, Yoshimitsu mendengar tentang turnamen King of Iron Fist 4. Dia membayangkan koalisi antara Partai Manji dan Mishima Zaibatsu. Dengan mimpi ini di benaknya, Yoshimitsu langsung masuk turnamen dan harus mengalahkan Heihachi Mishima bagaimana pun caranya.
Penampilan Yoshimitsu di Tekken 4 berbentuk kumbang.
Di Tekken 5, Yoshimitsu diceritakan masih membantu orang miskin. Suatu hari, ketika menerobos ke markas Mishima Zaibatsu, dia menemukan Bryan Fury yang terluka dan membantunya melarikan diri. Namun sayangnya, sebulan kemudian, ketika sedang mengunjungi laboratorium Dr. Bosconovitch, Yoshimitsu mendapati rekan-rekannya tewas. Ini adalah ucapan terima kasih Bryan.
By the way, Bryan bukan manusia melainkan cyborg. Kita akan membahasnya kapan-kapan.
Sebagai balas dendam, ketika mengetahui Bryan masuk turnamen King of Iron Fist 5, Yoshimitsu menajamkan pedangnya dan bersiap menghabisi Bryan. Penampilan Yoshi di Tekken 5 berbentuk samurai.