Secara kemenangan, Valentino Rossi masih lebih unggul dari Nicky Hayden. Rossi berhasil memenangkan lima balapan dibandingkan Hayden yang hanya menang dua balapan.
Namun jumlah DNF dan permasalah mekanikal membuat Rossi tidak bisa memimpin klasemen sampai akhir musim.
GP Portugal 2006 adalah balapan yang penting bagi Rossi maupun Hayden. Hayden memimpin dengan selisih 12 poin, balapan di Portugal bisa saja menjadi tempat Hayden mengunci gelar.
Namun nasib malang menimpa Hayden yang harus tertabrak rekan setimnya, debutan juara kelas 250cc Dani Pedrosa, akibatnya Hayden nihil poin.
Sementara itu Valentino Rossi berhasil finish di posisi 2 dan mengamankan 20 poin, setelah GP Portugal keadaan berbalik. Kini Rossi memimpin dengan selisih 8 poin.
Berangkat ke Valencia dengan keunggulan 8 poin, Rossi justru blunder dengan terjatuh pada lap-lap awal.
Pada akhirnya Rossi hanya sanggup finish di urutan 13, gelar tahun itu lalu jatuh ke Nicky Hayden.
