Meski gaduh dan kontroversial, Pak Harto mungkin memakluminya karena Daoed Joesoef menuntaskan pekerjaannya sampai masa jabatannya berakhir. Beliau juga berumur panjang sampai 91 tahun. Dan tahun ajaran baru tetap dimulai pada Juli. Sekarang pun pada bulan puasa sekolah tetap masuk meski pada zaman Presiden Abdurrahman Wahid sempat libur sebulan penuh.
Kemungkinan Pak Harto memang tidak ada masalah dengan kebijakan dan usulan Daoed yang dituding anti-Islam, sebab Pak Hartolah yang memanggil Daeod pulang ke Indonesia untuk ditunjuk jadi Mendikbud.
Sebelum jadi Mendikbud, Daoed Joesoef bicara di forum UNESCO yang memungkinkannya membujuk dunia bahwa Candi Borobudur sangat mendesak untuk dipugar.
Pada waktu itu kondisi Candi Borobudur seperti bangunan kuno berhantu karena amat sangat jelek dan terlantar. Berlumut dan relief-reliefnya berhamburan. Batu-baru candi berhamburan dan banyak terdapat tunas-tunas pohon yang tumbuh dari kotoran kelelawar.
Sebenarnya pada 1955 pemerintah Indonesia pernah berniat memugar Candi Borobudur.Â
Namun Daoed Joesoef mengungkap bahwa pemerintah enggan karena tidak siap untuk berdiskusi secara akademis mengenai hal-hal yang bersifat kultural, historis, dan keilmuan.
Setelah dana yang diminta Daoed disetujui oleh UNESCO, maka pemugaran Candi Borobudur secara resmi dimulai pada 10 Agustus 1973 dan selesai 10 tahun kemudian pada 23 Februari 1983.
Pemugaran Candi Borobudur tidak mulus karena Daeod dianggap bertanggung jawab membuat berhala terbesar di tanah air. Surat kaleng berisi caci-maki dan ancaman datang bertubi-tubi padanya.
Terbukti kini orang Indonesia yang beragama Islam pun datang ke Borobudur bukan untuk menyembah berhala, melainkan mengagumi dan bangga pada nenek moyang mereka yang pada zamannya sudah bisa membuat candi Buddha terbesar yang diakui dunia sampai detik ini.