Earl kemudian lebih memilih Malayu-nesians karena untuk menghargai orang-orang Melayu yang sudah menjelajah kepulauan yang dimaksud sebelum orang-orang Eropa.
Sedang ahli etnologi yang juga editor JIAEA, James Richardson Logan, pada jurnal yang sama lebih memilih nama Indu-nesia, dengan u diganti o menjadi Indonesia. Indonesia atau Indu-nesia berasal dari dua kata yakni Indu yang berarti India dan Nesia dari bahasa Yunani nesos yang berarti pulau. Jadi Indunesia atau Indonesia adalah istilah yang bermakna sama dengan Indian Archipelago atau Kepulauan Hindia.
Dalam pandangan Logan, wilayah The Wole Indian Region berupa keseluruhan daratan yang dipisahkan oleh Teluk Bengala. Jadi bagian barat teluk Bengala dan bagian timur teluk bengala yang masih dalam pengaruh India juga bagian dari The Whole Indian Region ini. Oleh karena itu Logan mengusulkan nama India, Ultraindia, atau Transindia dan Indonesia.
Nama Indonesia kemudian mulai lazim dipakai dalam ranah keilmuan setelah ahli etnologi asal Jerman, Adolf Bastian, pada tahun 1884 menerbitkan karya berjudul Indonesien oder de Inseln des malayischen Archipels. Indonesie disebutkan untuk menyebut wilayah geografis kepulauan nusantara.
Para ilmuwan sejak Adolf Bastian menggunakan istilah Indonesia untuk menyebut fakta geografis. Kemudian orang-orang pribumi nusantara terpelajarlah yang memakainya untuk identitas dan perjuangan melawan penjajahan.
Sejak tahun 1922 nama Indonesia secara politik dipakai oleh Perhimpunan Indonesia. Organisasi ini awalnya dibentuk pada tahun 1908 di Belanda dengan nama Indische Vereeniging, atas prakarsa Sutan Kasajangan Soripada dan RM Noto Soeroto dengan tujuan klub belajar.
Pada tahun 1913 ketika Soewardi Soerjoningrat (Ki Hajar Dewantara) dan Tjipto Mangoenkoesoema bergabung dengan Indische Vereeniging, mulailah organisasi itu mendiskusikan tentang masa depan Indonesia dan aktif di ranah politik.
Pada tahun 1922 Indische Vereniging menjadi Indonesische Vereeniging. Tiga tahun kemudian Indonesische Vereeniging meninggalkan bahasa Belanda sama sekali dan menjadi Perhimpunan Indonesia.
Perhimpunan Indonesia merupakan pelopor gerakan nasionalis Indonesia yang memakai istilah Indonesia pertama kali dalam namanya. Gerakan ini mengadvokasi kemerdekaan Indonesia dari Belanda. Saat perhimpunan Indonesia ini kembali ke tanah air, mereka kemudian aktif memperjuangkan kemerdekaan Indonesia.
Pada tahun 1928 nama Indonesia dipakai dalam Sumpah Pemuda. Sumpah pemuda adalah hasil Kongres Pemuda II yang menghasilkan tiga poin keputusan yakni putra-putri Indonesia mengaku bertanah air satu Indonesia, berbangsa satu Indonesia dan berbahasa persatuan Indonesia.
Dan perjuangan panjang itu akhirnya menemui hasil manisnya pada 17 Agustus 1945 ketika Bung Karno dan Bung Hatta membacakan proklamasi kemerdekaan Indonesia. Lahirlah bangsa dan negara Indonesia.
